L'objectif d'Armalyte est de progresser jusqu'à la fin d'un niveau long et horizontal où l'écran cessera de défiler et la bataille commencera avec un patron. Battre le Boss permet au joueur de progresser au niveau suivant. Il y a huit niveaux en tout. Des Boss plus petits sont rencontrés à mi-chemin de chaque niveau et ceux-ci doivent également être battus pour aller plus loin.

À chaque niveau, le joueur rencontre de nombreux petits navires ennemis, dont beaucoup volent en formation fixe. Les niveaux présentent également des paysages qui peuvent détruire le vaisseau du joueur si touché. Les armes peuvent être mises à niveau grâce à un système de mise à niveau.