Selon les renseignements, un homme qui s'appelle Dr Mangle est responsable des mutants et de la destruction de Metro. Vous devrez vous battre à travers des niveaux remplis de mutants maléfiques et de gardes robotisés pour enfin infiltrer la forteresse de Mangle et le vaincre. Vous pensez à vous-même que ce sera la mission la plus dangereuse de votre vie.

Snake Logan est un expert en armes, et utilise plusieurs pendant toute la durée du jeu, y compris une mitrailleuse et des grenades à haute puissance.