L'année est 2016. L'humanité a été réduite à quelques survivants habitant la station spatiale orbitale Omega. Au cours de l'histoire, des extraterrestres ont visité la Terre tous les vingt-cinq ans, "récoltant" les humains en tant que matière organique. Finalement, ils lancent une attaque contre les derniers restes de la race humaine. Mais Adam Drake, un soldat génétiquement modifié, entre en possession d'un dispositif voyageant dans le temps. Il l'utilise pour se rendre aux périodes de l'histoire humaine où des extraterrestres ont commis leurs attaques mortelles. Le destin de l'humanité est entre ses mains.

Body Harvest est un jeu d'action et de conduite avec une structure basée sur la mission. Le protagoniste se rend à différents endroits et époques (p. ex. La Grèce pendant la Seconde Guerre mondiale, la Sibérie dans les années 1990, etc.) dans le but d'arrêter les invasions extraterrestres. Les missions sont accessibles en voyageant vers des zones spécifiées sur la carte. Adam peut se déplacer à pied et utiliser ses armes pour tuer des extraterrestres; cependant, les véhicules se révèlent généralement être un moyen plus fiable de s'attaquer à la plupart des missions. Adam peut utiliser la plupart de ses armes dans un véhicule; en outre, certains véhicules sont équipés de leurs propres armes.