Dans la tradition de la série Bust-A-Move, le Bust-A-Move '99 de Taito est un jeu de puzzle traditionnel. L'objectif principal est de détruire ou de se débarrasser (en tombant) de toutes les bulles situées dans la scène. Une fois que vous ferez cela, vous serez diplômé au niveau suivant.

Bien que la prémisse puisse sembler simple, la logique et l'exécution ne l'est pas. En utilisant un "shooter de bulles", vous devez viser et tirer vos bulles vers le haut de l'écran afin que vous puissiez apporter trois bulles de la même couleur ensemble. Quand tu feras ça, les bulles éclateront. Une façon de gagner des points est d'avoir les bulles popping ainsi que la bulle qui a été prise tomber de l'écran (en multi-joueur, il met ces bulles sur le côté de votre adversaire). Cela vous donne aussi beaucoup moins de bulles à prendre en charge.

Les bulles tombent constamment. Les faire sauter en peu de temps est nécessaire parce que plus il faut de temps pour les faire sauter, plus vite ils baisseront. Si vous n'arrivez pas à effacer toutes les bulles et qu'elles atteignent le bas de l'écran, le jeu est terminé.

Bust-A-Move '99 contient de nouvelles options jamais vues dans la série Bust-A-Move. Il y a maintenant des bulles spéciales (étoile, métal et arc-en-ciel pour n'en nommer que quelques-uns), des bulles et des blocs obstructifs et de nouveaux milieux. Vous avez également la possibilité de créer vos propres étapes avec l'éditeur create-a-level.