En D-bug, les joueurs entrent dans le rôle de Charlie Fix-it, un spécialiste de la réparation informatique qui vit à l'intérieur d'un système informatique. Le jeu combine deux éléments de gameplay distincts: un jeu de société stratégique appelé Gotcha! où les joueurs rivalisent contre l'ordinateur pour capturer leurs propres pièces (butterflies ou voiliers), et une simulation de réparation informatique qui déclenche lorsque des erreurs système se produisent. Pendant les séquences de réparation, les joueurs doivent diagnostiquer les problèmes en observant les symptômes, en naviguant dans les composants informatiques et en remplaçant les pièces défectueuses. Comme les réparations sont terminées avec succès, le jeu introduit progressivement des défis techniques plus complexes, enseignant les concepts de base de dépannage informatique par le jeu pratique.