Deus Ex: L'humanité divisée suit directement les suites de l'incident d'août, un jour où des citoyens mécaniquement augmentés partout dans le monde ont été dépouillés de contrôle sur leurs esprits et corps, entraînant la mort de millions d'innocents. L'année est maintenant 2029, et l'ère dorée des augmentations est terminée. Les humains augmentés mécaniquement ont été jugés exclus et séparés du reste de la société. Le crime et les actes de terreur servent de voile pour dissimuler une conspiration générale visant à contrôler l'avenir de l'humanité..