La saison de la grippe est arrivée, et c'est le devoir du Dr Mario d'utiliser ses mégavitamines pour guérir les habitants de la terre. Cependant, Wario, voulant avoir la renommée du Dr Mario, tente de voler les Megavitamins, mais en vain. Ensuite, Mad Scienstein et Rudy le Clown (de Wario Land 3) volent les Megavitamins, et les deux Dr Mario et Wario donnent la chasse.