Evil Genius se concentre sur la construction d'une tanière insulaire et la gestion des minions qui sont employés par le Evil Genius, permettant au joueur de progresser à travers la principale histoire avec atteindre la domination mondiale comme objectif final du jeu. Bien qu'il n'ait pas explicitement mentionné l'utilisation des régions historiques, le bloc oriental et des événements tels que la crise des missiles cubains dans le cadre du jeu suggèrent qu'il est établi dans les années 60 et 70 et que le jeu progresse dans un autre temps.