La version PC de Final Fantasy IX propose des modèles de caractères haute résolution, des FMV améliorés et des améliorations modernes telles que l'auto-sauvetage, l'avance rapide et les boosters de combat. Il prend en charge à la fois le contrôleur et l'entrée clavier / souris. La version Steam comprend également des réalisations et permet de créer des mods communautaires, y compris le Moguri Mod populaire, qui restaure les fonds de style original et audio.