La version console de Final Fantasy IX apporte des modèles de caractères améliorés, l'interface utilisateur mise à jour et des scènes de coupe entièrement remasterisées. Il comprend des fonctions de commodité telles que l'enregistrement automatique, des tricheurs optionnels comme les dommages maxi ou aucune rencontre, et des réalisations ou trophées spécifiques à la plateforme. Bien que l'expérience de base corresponde à la version PC, les versions de console sont optimisées pour un gameplay en continu sans avoir besoin de configuration ou de mods supplémentaires.