Le système solaire pacifique et prospère Junos était situé à la fin de la Voie Lactée. Ceux qui ont appelé ses cinq planètes à la maison n'avaient aucune idée de ce qui allait se passer...
Halcyon, chef du quatrième Empire, avait marqué Junos comme cible finale dans le massacre galactique, et avait envoyé la majeure partie de sa force d'attaque dans un seul but – l'élimination de toutes les formes de vie dans le système, et la construction d'une forteresse gigantesque sur chacune des cinq planètes d'où gouverner la galaxie.
Force Galaxy II n'est pas une véritable suite au jeu orginal mais une version améliorée de l'original. Il a été libéré environ deux mois après la sortie de la première partie, ce qui la rend obsolète.