Gex 64 était le port Nintendo 64 de Gex: Entrez le Gecko.

Cette version comporte un nouveau niveau, qui remplace les niveaux secrets. "Gecques Cousteau", qui est centré sur le RMS Titanic, est joué presque entièrement sous l'eau. Les seules parties terrestres du niveau sont à l'entrée du Titanic, qui est coulé par l'iceberg.

D'autres changements incluent moins de niveaux de bonus et moins de citations, en raison des cartouches Nintendo 64 stockant beaucoup moins de données pour les jeux que les CD. Certains effets sonores ont été légèrement modifiés.