Hacker II est notamment plus difficile et impliqué que le premier jeu. Dans Hacker II, le joueur est en fait recruté sur la base de son (hypothèse) succès avec les activités dans le jeu original. Une fois de plus, ils sont chargés de contrôler un robot, cette fois-ci pour infiltrer une installation sécurisée afin de récupérer des documents connus uniquement sous le nom de "The Doomsday Papers" d'un coffre bien gardé pour assurer la sécurité des États-Unis.