Le jeu est contrôlé avec un joystick ou des touches fléchées et un bouton d'action. Une des quatre directions cardinales est utilisée pour choisir le terrain, et de nouveau pour le diriger vers le bas, haut, à l'intérieur (vers la pâte), ou à l'extérieur (à l'écart de la pâte). Les mêmes directions sont utilisées pour viser la balançoire lors de la battage. Lors de la mise en jeu après un coup, le joueur défensif le plus proche de la balle clignotera pour montrer qu'il est celui actuellement sous contrôle. Les quatre directions sont ensuite utilisées pour jeter à l'une des quatre bases.

Le jeu intègre une perspective pichet, souvent utilisée dans les émissions MLB. Il existe également des options de gestion. Le joueur a une sélection de lanceurs à choisir. Chaque membre de l'équipe a ses propres statistiques qui influent sur ses performances, et peut être réaménagé comme désiré. Avant la sortie de HardBall!s, il y avait des jeux de baseball de gestion disponibles, comme Micro League Baseball mais HardBall! a été le premier à intégrer cet aspect avec le contrôle d'arcade de l'action de jeu elle-même.