Le gameplay de Jr. Pac-Man est similaire à celui de ses prédécesseurs : Le joueur contrôle le titre Jr. Pac-Man et marque des points en mangeant tous les points dans le labyrinthe. Quatre fantômes errent dans le labyrinthe et tentent de le capturer. Le joueur peut manger un énergisant pour rendre les fantômes bleus, les rendant vulnérables pour un court moment et permettant au joueur de les manger, en renvoyant leurs yeux à leur base. Lorsque tous les points sont effacés, un nouveau labyrinthe est présenté et le gameplay reprend.