En tuant le 2e étage, les joueurs descendent en Europe, où l'épidémie de Zed s'est rapidement répandue et s'est accélérée. Un mois seulement après la conclusion des événements dans le Killing Floor original, les clones sont partout et la civilisation est en désordre; les gouvernements se sont effondrés et les forces militaires ont disparu.