Madden NFL 2001 comprend plusieurs modes personnalisables. Les joueurs ont la possibilité de créer une pièce de théâtre, de créer un joueur, d'exécuter une franchise et de collecter des cartes Madden, ce qui permet aux joueurs d'effectuer certaines actions pendant le gameplay (par exemple, d'ajouter la 5e descente, ou de limiter l'équipe contrôlée par le CPU à la 3e descente). Les cartes peuvent également modifier les cotes des joueurs, débloquer des stades spéciaux, et débloquer des équipes Hall of Fame et All-Madden.