Mega Homme Volnutt est le personnage jouable du jeu. Mega Man Volnutt est un "Digger", une personne chargée d'enquêter sur les ruines d'une Terre inondée. Pendant son voyage avec ses amis, leur navire s'écrase à Kattelox Island, où Mega Man décide de confronter les pirates qui l'attaquent pour obtenir son trésor caché. En tant que jeu de rôle d'action, le gameplay de Mega Man Legends est très différent de celui de la série originale malgré le partage de quelques éléments.