Dans Moonsweeper votre but est de sauver les mineurs des lunes dans le Quadrant Star Jupiter. Vous commencez votre mission dans l'espace où vous devez éviter les éruptions aurores mortelles, les torches photoniques et les balles spatiales du soleil dans ce quadrant. De temps en temps, vous verrez une lune passer, et en volant près d'elle vous pouvez descendre à la surface. Pendant que vous balayez la surface, vous verrez des mineurs échoués qui doivent être secourus en les survolant. Sur la surface des lunes se trouvent également divers obstacles qui doivent être évités ou détruits, tels que les tours et les satellites lunaires ainsi que les destroyers de surface extraterrestres. Si vous survivez et sauvez six mineurs (le maximum que votre navire peut transporter), alors vous pouvez décoller de la surface en utilisant les anneaux d'accélérateur. Il existe plusieurs types de lunes dans ce quadrant, chacune avec un niveau de difficulté différent. Pour vous aider, votre navire est équipé de torpilles et de boucliers photons (bien que vous perdiez des points en utilisant le bouclier).