Kombat mortal Trilogy présente le même gameplay et histoire que Mortal Kombat 3, mais ajoute des personnages et des scènes des trois autres jeux d'arcade, y compris Ultimate Mortal Kombat 3. Certains personnages complètement nouveaux ont également été introduits. Les nouveaux ajouts au jeu comprenaient la barre "Agresseur", un compteur qui remplit pendant le match et rend temporairement un personnage de joueur plus rapide et plus fort. Il présente également la Brutality, une longue combinaison d'attaques qui se termine avec l'explosion de l'adversaire.