Ce jeu est une adaptation interactive de Neon Genesis Evangelion pour N64. Appelé Shinseki Evangelion au Japon, la série d'anime de Gainax a été diffusée d'octobre '95 à mars '96 et a bientôt engendré une sortie de long métrage en '97. Le match N64 débute en 2015, 15 ans après Second Impact. Les Anges sont revenus et ont soudainement attaqué Tokyo-3. À l'aide de soi-disant « champs de terrorisme » qui ne peuvent pas être pénétrés par des armes ordinaires, les Anges prennent toutes les forces humaines envoyées pour s'y opposer. C'est là que vous entrez. En tant que pilote des Évangélons conçus par le NERV, Shinji Ikari, vous prenez votre mech géant de combat humanoïde dans la bataille avec les anges. Gameplay peut être décrit comme un anime interactif, car il repose fortement sur des boutons chronométrés.