Ninja Master suit les conventions de nombreux jeux de combat 2D précédents sortis pour le Neo-Geo. Le joueur doit vaincre son adversaire au combat lors d'une série de deux matches sur trois. Les personnages peuvent changer entre utiliser l'arme du personnage ou combattre main dans la main au milieu du combat. Comme la série Art of Fighting, Ninja Master dispose d'un super mètre.