L'opération Thunderbolt est la suite passionnante de l'opération Wolf. Un avion de ligne est détourné par des terroristes en route de Paris à Boston, qui menacent de tuer tous les otages à bord si leurs compagnons ne sont pas libérés de prison. Au lieu d'atteindre sa destination, l'avion de ligne atterrit à Kalubya, en Afrique, et tous les otages sont cachés dans divers endroits. Les autorités ont demandé au héros de l'opération Wolf de secourir les otages, mais seulement cette fois, le héros amène son ami pour la balade.

Il y a huit missions à mener à bien dans l'opération Thunderbolt, et chacune d'entre vous a abattu des soldats, des hélicos et des chars. Le gameplay varie toutes les missions. Dans certaines missions, vous conduisez une jeep ou contrôlez un bateau, tandis que dans d'autres, vous marchez pendant que vous tirez. Vous disposez d'un approvisionnement limité en munitions et d'un approvisionnement limité en bombes-roquettes, mais vous pouvez toujours stocker en tirant des caisses tombant du ciel, ou en tuant un chat ou un chien qui entrent dans la ligne de feu. De plus, vous pouvez obtenir des articles spéciaux comme des gilets pare-balles, des fusées et différentes armes.