Q.U.B.E. 2 est la suite du jeu de puzzle à la première personne. Vous êtes Amelia Cross, un archéologue échoué qui s'est réveillé parmi les ruines d'un ancien paysage extraterrestre. Avec l'aide lointaine d'un autre survivant, vous devez manipuler la structure de ce monde mystérieux et trouver un moyen de rentrer chez vous.