Le jeu prend un plus grand départ de ses prédécesseurs dans l'histoire et la présentation. Les héros sont maintenant membres d'un clan ninja qui doit envoyer un empereur maléfique avant d'être libéré. Les joueurs peuvent choisir le personnage qu'ils veulent pour la première fois, chacun ayant ses propres forces et faiblesses. Deux patrons qui confrontent le joueur peuvent également être jouables après un certain chapitre du jeu, permettant aux joueurs de re-sélectionner leur personnage s'ils le souhaitent.