Les cinq missions du jeu ont chacune trois ou quatre étapes. Plusieurs otages sont retenus à chaque étape; Joe doit les sauver tous avant d'être autorisé à terminer l'étape. La dernière étape de chaque mission n'a pas d'otages, mais présente plutôt un puissant personnage de patron que Joe doit vaincre. Après avoir accompli chacune des quatre premières missions, le joueur est amené à une étape bonus, où il peut gagner une vie supplémentaire s'il est capable de tuer tous les ninjas qui sautent vers lui. La cinquième mission se termine. De plus, une fois la cinquième mission commencée, la poursuite n'est plus permise; le joueur doit terminer le match avec autant de vies qu'il a laissées à ce moment-là. Si le joueur gagne une place sur le haut score, le nombre de crédits qu'il a fallu pour obtenir ce score est affiché avec son score.

Les armes standard de Joe sont un approvisionnement illimité de shuriken, ainsi que des coups et des coups de pied lors de l'attaque à portée de main. Un otage par étape lui donne un pouvoir. Lorsqu'il est propulsé, ses étoiles de lancement sont remplacées par une arme qui tire de grandes balles explosives, et son attaque de portée rapprochée devient une katana slash. Joe peut également effectuer la « magie ninja », qui ne peut être utilisée qu'une fois par étape et tue (ou dommages, dans le cas des patrons) tous les ennemis sur l'écran. Le jeu permet également aux ennemis de se cacher derrière des boîtes ou d'utiliser des boucliers pour bloquer les shurikens de Musashi. Annexe

Joe peut être tué avec un seul coup, à condition d'être frappé par une attaque projectile ou mêlée, mais s'il ne se trouve pas dans ces situations, le joueur peut toucher des ennemis réguliers et juste être repoussé sans être endommagé. Puisque la plupart des ennemis apparaissent au même endroit à chaque niveau, il est possible de maîtriser le jeu en mémorisant leurs emplacements et en concevant des modèles pour les vaincre.

À la fin de chaque étape, le joueur reçoit des bonus de score basés sur la performance. Compléter la scène sans utiliser la magie ninja ou sans utiliser des étoiles de lancer ou des balles gagne au joueur un bonus de point. Le joueur dispose de trois minutes pour terminer chaque étape; le temps restant à la fin de l'étape est également converti en points bonus et ajouté au score du joueur.