En 2098, l'humanité avait été attaquée par une force militaire de Zeograd, une planète hostile dans une galaxie lointaine. Le commandant Parker Deehan de la Special Interception Airforce (SIA) a décidé de déployer et piloter l'embarcation de chasse F98 Star Soldier dans la ligne de front de la bataille contre Zeograd. Perdre la bataille signifie l'extinction de l'humanité et l'anéantissement total de la Terre !