Le jeu place l'utilisateur dans le contrôle de l'équipage de pont de l'Enterprise pendant qu'ils explorent une zone d'espace essayant de comprendre pourquoi tous les navires de la Fédération précédents qui sont entrés dans la région ont mutiné. Chaque membre de l'équipage de la passerelle contrôle certains aspects des opérations du navire, ce qui permet au joueur de contrôler la mission à travers ses stations. L'utilisateur peut également orbiter au-dessus des planètes et téléporter des membres sélectionnés afin de trouver des dispositifs ou des indices qui peuvent résoudre le mystère de la "zone Quarantine".