L'Empire étend ses griffes maléfiques à travers la galaxie, consommant des planètes avec des résultats dévastateurs. À travers de nombreuses luttes, l'Alliance Rebel a appris qu'une nouvelle station de combat impériale, l'Étoile de la Mort, avait assez de pouvoir pour détruire toute une planète.

L'Empire maléfique construit secrètement une armée massive pour compléter leur arsenal de domination et rendre leur règne de terreur inarrêtable. Kyle Katarn, un Stormtrooper officiel impérial doit rejoindre la division secrète des opérations de l'Alliance Rebel, et reprendre l'Empire de l'intérieur, une bataille à la fois.

Contrairement à beaucoup d'autres jeux basés sur Doom, Star Wars: Dark Forces a tenté une approche réaliste: les missions ont suivi une histoire spécifique, parfois découpée par des scènes pour faire avancer le récit. Chaque mission avait son propre exposé et son propre objectif. Les niveaux ont été conçus pour représenter des bases réelles, des mines, des installations, et d'autres endroits connus de l'univers Star Wars, comme Star Destroyer intérieurs, le navire de Jabba, Coruscant, etc.