Le jeu lui-même est divisé en trois épisodes, un pour que le joueur commande chaque course. Dans la première partie du jeu, le joueur et Jim Raynor tentent de contrôler la colonie de Mar Sara à la suite des attaques de Zerg contre d'autres mondes du Terran.

La deuxième campagne révèle que Kerrigan n'a pas été tuée par le Zerg, mais qu'elle est capturée et infestée dans le but d'incorporer ses traits psioniques dans le groupe de gènes du Zerg.

L'épisode final du jeu voit Aldaris et le gouvernement Protoss marquer Tassadar un traître et un hérétique pour conspirer avec le templier sombre. Le joueur sert d'abord Aldaris en défendant Aiur de l'invasion de Zerg, mais en mission pour arrêter Tassadar, le joueur le rejoint à la place.