Président Latverian Le Dr Doom est un terrible ennemi, donc quand il éclos un plan pour faire exploser New York avec une bombe atomique volée, un superhéros Marvel ne suffit pas pour l'arrêter. Comme l'explique la bande dessinée somptueuse du jeu, Spider-Man et Captain America doivent unir leurs forces pour aller à Latveria et déjouer ses plans.

L'action principale dans le jeu est un côté-scrolling battre 'em, dans lequel vous contrôlez alternativement les deux caractères. Ils ont chacun leurs propres mouvements pour traiter avec le Rhino, Electro et d'autres ennemis. Les mouvements sont sensibles au contexte en fonction de la distance entre votre personnage et l'adversaire. Les barres d'énergie diminuent à mesure que vous prenez des coups. Après chaque section, vous obtenez des séquences de bandes dessinées comme une récompense, et de définir la scène de l'histoire en évolution.