Dans The Deep, le joueur prend le rôle d'un navire qui doit se défendre contre une variété d'ennemis sous-marins, par exemple u-boats ou méduses avec des armes. Tous les ennemis lancent des missiles ou des mines sur le bateau qui peuvent être esquissés en se déplaçant à gauche ou à droite. Les bombes à eau peuvent être lâchées pour se débarrasser des ennemis - mais il ya seulement huit disponibles qui se rechargent lentement au fil du temps.

Parfois, un hélicoptère dépose des caisses qui comprennent des extras utiles comme des bombes intelligentes, des fusées de direction ou une vitesse supplémentaire. Le navire peut également se transformer en sous-marin pour recueillir des objets sous l'eau. Chaque écran a un objectif différent, par exemple recueillir un orbe, bombarder une station sous-marine ou détruire un navire puissant.