Le Legend of Zelda: Majora's Mask est une suite directe à Ocarina of Time, il utilise le même moteur et le même style visuel que son prédécesseur. Le jeu conserve les éléments traditionnels des jeux Zelda ainsi que ceux introduits dans Ocarina of Time, tels que le blocage actif avec un bouclier, divers articles de lancer, et l'utilisation de mélodies jouées sur l'ocarina pour résoudre des énigmes. Par rapport aux précédents jeux Zelda, cet épisode est plus orienté vers l'interaction avec les NPC et a une plus grande variété d'articles, quêtes optionnelles, et mini-jeux. Il comprend également un système de temps qui s'étend sur trois jours, et ce cycle doit être réinitialisé périodiquement pour progresser à travers le jeu.