Kaito Kid envoie une lettre à la famille Mine, qui possède un sabre orné d'un joyau que le voleur désir obtenir. Ginzo Nakamouri arrive chez les Mine avec une escouade de police, déterminé à attraper le voleur, tandis que la grand-mère de la famille refuse l'intervention de la police, considérant qu'ils pourraient se débrouiller tout seuls.
Conan et Ran rendent visite à Heiji et Kazuha à Osaka, mais alors qu'ils se promènent, ils tombent sur un groupe de trois enfants qui ressemblent à Ayumi, Mitsuhiko et Genta. Le groupe est à la recherche de leur ami disparu et Conan accepte de les aider.
Cette OAV met en scène Kaito Kid qui tente de voler un bijou appelé "Crystal Mother", actuellement en possession de la reine d'Ingram. Le coup doit avoir lieu en un seul coup, mais Conan n'est pas le seul à se mettre en travers de son chemin, le petit prince héritier d'Ingram est également présent. Le Kid Kaito parviendra-t-il à s'emparer du précieux bijou malgré les difficultés ?
#6 OVA05 : La cible est Kogoro !! L'enquête secrète des jeunes détectives
Date de diffusion : samedi 1 janvier 2005
25min
La classe a pour mission de poser des questions à un entrepreneur local sur le déroulement de son travail et ses projets d'avenir et de traiter ces informations dans le cadre d'un exposé. Les "Detective Boys" se réunissent pour interviewer ensemble Kogorou Mouri. Mais comme l'entretien n'est pas très instructif, ils décident de le suivre afin d'en savoir plus sur son emploi du temps. Bien sûr, il ne faut pas longtemps pour qu'un incident particulier se produise.
#7 OAV06 : À la poursuite du diamant disparu ! Conan & Heiji VS Kid !
Date de diffusion : mercredi 15 mars 2006
25min
Un jour, l'agence de détectives de Kogorou Mouri reçoit un appel de chantage. Il s'avère que l'appelant s'est trompé de numéro. Après avoir trouvé le véritable destinataire de l'appel, Conan apprend qu'un bijou de grande valeur a été volé. Avec Heiji, il se met à la recherche du voleur. Mais le fait que Kaitou Kid ait également jeté son dévolu sur le bijou complique les choses.
#9 OAV07 : Le défi du professeur Agasa ! Le professeur VS Conan & les détectives boys
Date de diffusion : mardi 13 mars 2007
25min
Conan et les "Detective Boys" sont invités chez le professeur Agasa. Une fois sur place, ils apprennent que le professeur a été enlevé. Ils tentent alors, à la manière typique de Conan, de découvrir où il se trouve à l'aide des indices donnés. Mais ils doivent bientôt constater que le professeur ne fait que jouer avec eux. Mais soudain, il est réellement enlevé.
#14 OAV08 : La détective lycéenne, l'affaire de Suzuki Sonoko
Date de diffusion : mardi 1 janvier 2008
25min
Un meurtre est commis dans la rédaction du magazine "Weekly News". Les suspects sont les quatre employés, qui auraient tous eu un motif pour tuer leur supérieur. Le commissaire Megure et Kogorou Mouri ne savent pas quoi faire jusqu'à ce que Sonoko Suzuki, une détective lycéenne, arrive et leur montre comment résoudre l'affaire.
#15 OAV Magic File 2 (Relié Film 12): Kudo Shinichi: L'affaire du mystérieux mur et du labrador noir
Date de diffusion : samedi 19 avril 2008
25min
Dans le Detective Conan Magic File 2, il s'agit d'une affaire de meurtre liée à l'histoire du 12e film de Detective Conan. L'affaire de meurtre en question concerne un homme soupçonné d'avoir tué sa grand-mère. Ce soupçon est apparu lorsque l'homme a déclaré à la police qu'il était chez lui au moment du crime. Lors de son témoignage, il était très nerveux, ce qui indique que ses déclarations ne correspondent pas aux faits.
#16 OAV Magic File 3 (Relié Film 13): Shinichi and Ran: Souvenirs des tuiles de mah-jong et de Tanabata
Date de diffusion : samedi 18 avril 2009
25min
Pendant que son père, Kogoro, joue au mahjong avec des amis, Ran parle de sa jeunesse. Elle évoque la fête japonaise de Tanabata, lorsqu'elle avait l'habitude d'écrire ses vœux sur un morceau de papier et de l'attacher à un bambou. Mais comment ces deux choses s'articulent-elles aujourd'hui ?
L'amie de Conan, Ai Haibara, a une fois de plus mis au point un nouvel antidote au rétrécissement des deux. Conan est prêt à le tester immédiatement, dans l'espoir de retrouver son ancienne forme de Shinichi Kudou. Mais les choses ne se passent pas comme prévu.
Dans cette histoire, Conan dirige un groupe de jeunes détectives pour lutter contre Kaitou Kid, qui s'intéresse à un bijou situé sur une île de l'hôtel.
#19 OAV Magic File 4 (Relié après Film 14): Le dirigeable perdu dans le ciel
Date de diffusion : samedi 17 avril 2010
25min
Après les événements excitants du 14e film et une rencontre avec Kaito Kid, Conan essaie de se détendre pendant quelques heures chez son ami Heiji à Osaka. Mais sur leur chemin vers un restaurant d'okonomiyaki, un événement succède à un autre et le temps file jusqu'au retour à Tokyo...
#21 OAV Magic File 5 (Relié après Film 15): Niigata-Tôkyô: Le capriccio des o-miyage
Date de diffusion : samedi 16 avril 2011
25min
Lors du voyage à Niigata, nos principaux protagonistes ramènent quelques souvenirs en guise de cadeaux. Cependant, en ouvrant les surprises, ils réalisent avec surprise que ce ne sont pas leurs cadeaux. Heiji accepte l'affaire et veut maintenant résoudre le mystère. Comment cette confusion s'est-elle produite et y a-t-il de mauvaises intentions derrière tout cela ?
Histoire secondaire de l'épisode 616 de l'anime TV : Mitsuhiko trouve dans un magazine de mode la photo d'une jeune star qui ressemble fortement à Ai Haibara. Suite à l'appel de Conan Edogawa et à sa consigne de ne laisser Ai se rendre en aucun cas chez le professeur, Genta et lui enquêtent sur le passé de la jeune star.
#26 OAV Magic File 6 (Relié Film 16): La fleur de Fantasista
Date de diffusion : samedi 14 avril 2012
25min
Shinichi Kudo manque le penalty décisif lors de la finale de l'éliminatoire qui décide de la participation au Tournoi National. Quelques jours plus tard, ils découvrent que quelqu'un a écrit plusieurs critiques sur le tableau du vestiaire concernant les joueurs et toutes les stratégies de l'équipe. Shinichi essaiera de trouver le coupable et de découvrir ce qu'il cherche à accomplir.
Une batte de baseball légendaire, censée donner les meilleures capacités même au plus mauvais des joueurs ? Cet OVA met en scène un tel spécimen. Mais que se cache-t-il vraiment derrière cette batte et d'où vient-elle ? Comme par hasard, Conan se trouve lui aussi sur les lieux et finit par découvrir une affaire encore plus importante.