Troy, le symbiote, revient parmi les MIB. Il est aussitôt kidnappé par le malfrat Alpha qui l'oblige à rejoindre sa collection d'organes extraterrestres...
Drekk, un criminel extraterrestre, se réfugie sur Terre après s'être évadé d'une prison intergalactique. K et J découvrent que Frank connaît Drekk. Ils l'encouragent à les aider...
Barthok, le trafiquant d'esclaves, est pris pour un esprit maléfique en raison de sa tête en forme de citrouille. Il profite d'Halloween pour se fondre dans la masse...
Eileen, le policier extraterrestre, revient sur Terre accompagné de sa nouvelle partenaire, Eidi. Ils escortent un prisonnier Aldoosi qui utilise sa voix comme une arme...