K et J s'entraînent sur un simulateur de combat. J, mécontent de ses résultats, recommence son exercice mais cette fois-ci, les aliens tirent avec de vraies armes...
Les MIB connaissent une crise sans précédent : des forces armées extraterrestres envisagent d'envahir la Terre. L'ONU et la Maison blanche sont attaqués...