Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.

Sakura ne peut se résoudre au départ de Sasuke et décide de partir à sa recherche. Naruto qui a deviné ses pensées veut l’accompagner. L’ermite réussit à obtenir de Tsunade une mission lui permettant d’accompagner les deux amis au pays du riz afin d’y collecter des informations sur le village caché du Son où se trouverait Orochimaru.

L’Ermite part de son côté collecter des informations et profiter des avantages d’une ville. Il y rencontre des « voyous » autrefois respectables et appartenant au clan des Fûma. De leur côte Sakura et Naruto font la connaissance de Sasame Fûma, faisant également partie du clan des Fûma.

L’Ermite a rejoint Naruto, Sakura et Sasame, cette dernière connaît le chemin qui mène au village caché du Son. Son cousin a suivi Orochimaru qui lui a fait croire qu’il pouvait redonner la gloire au clan des Fûma. Sasame veut le ramener au village même si pour cela elle doit trahir ses nouveaux amis.

Les intentions de Sasame n’étaient pas mauvaises, elle souhaitait seulement sauver son cousin des griffes d’Orochimaru. L’Ermite et ses deux acolytes l’ont bien compris. Elle les mène à l’entrée de l’antre d’Orochimaru et Naruto lui promet de ramener son cousin. Pourra-t-il tenir promesse ? Le palais d’Orochimaru est parsemé de pièges.

Naruto est tombé dans un piège. Sakura se retrouve seule face à Kabuto qui lui apprend que Sasuke a succombé à la suite des effets de la marque maudite. Sasame désobéit et rentre dans la demeure d’Orochimaru, ce qui lui permet de libérer Naruto qui à son tour va porter secours à Sakura. Naruto se retrouve aux prises avec un bien étrange Kabuto, qui en réalité est un membre du clan Fûma ayant revêtu l’apparence de Kabuto.

Sasame retrouve son cousin Arashi, mais ce dernier, sous l’emprise d’Orochimaru s’est transformé en monstre. Sakura est prête donner sa vie pour sauver ses amis, Naruto l’en empêche et vainc Arashi qui se repent avant de disparaître et leur apprend que Sasuke est en vie. Orochimaru le garde pour prendre possession de son corps dans trois ans. L’Ermite qui a combattu de son côté retrouve son équipe. Sakura qui veut trouver sa voie demande à Tsunade de devenir sa disciple.

Alors que tout semble reprendre son cours normal dans le village de Konoha, Tsunade découvre une ordonnance égarée dans ses dossiers. Le vol du rouleau interdit perpétré par Mizuki un an auparavant pourrait bien être commandité par Orochimaru. Tsunade envoie Asuma et Kurenai interroger Mizuki en prison, lorsqu’ils arrivent, les prisonniers sont en liberté…

Shizune qui vient porter renfort à Asuma et Kurenai se fait piéger à son tour par Mizuki accompagné des frères Fûjin et Raïjin. Heureusement TonTon, son goret, s’échappe pour prévenir Tsunade de la situation. Cette dernière dépêche une équipe composée de Iruka Sensei, Naruto, Tonton et Pakkun pour porter secours à Shizune et son équipe.

Naruto doit affronter les deux colosses Fûjin et Raïjin à la force surhumaine. De son côté, Iruka se bat avec Mizuki. Iruka fait appel au souvenir de leur ancienne amitié pour raisonner Mizuki, mais ce dernier qui a toujours été jaloux de l’affection que portait le 3ème Hokage à Iruka compte bien en finir avec lui. La situation semble compromise lorqu’arrivent Ino, Shikamaru et Chôji.

Ino, Shikamaru et Chôji vont combattre les frères Fûjin et Raïjin pendant que Naruto va porter secours à Iruka. Mizuki ne fait pas de cadeau à Iruka, il lui en veut toujours de sa réussite à Konoha alors que lui n’a jamais réussi à se faire accepter.

Mizuki a pris la fuite et cambriole un laboratoire afin de se procurer les composants nécessaires à une potion. Sa relation avec Orochimaru ne fait plus aucun doute. Tsubaki, la fiancée de Mizuki a rejoint Naruto, Iruka et Pakkun et va les aider à retrouver le fugitif, mais lorsqu’ils vont le retrouver il est trop tard, Mizuki a ingurgité la potion prescrite par Orochimaru.

Tsunade vient prendre la relève auprès de la formation Ino, Shikamaru et Chôji qui étaient toujours aux prises avec les frères Fûjin et Raïjin. Naruto se bat avec Mizuki qui subit différentes transformations suite à la prise de la potion censée lui donner du pouvoir. Mais Orochimaru s’est joué de lui et la potion détruit ses cellules, Naruto aura raison de lui avec son Rasengan.

Naruto est toujours aussi déterminé à récupérer Sasuke. Hinata, Shino et Kiba veulent l'aider à le retrouver. Les 4 amis partent alors à la recherche des insectes flaireurs, destinés à retrouver la trace de Sasuke.

Shino, Kiba, Naruto et Hinata arrivent à destination. Ils se mettent donc à la recherche des insectes flaireurs. Pendant leur recherche, Shino, Hinata et Kiba repèrent des personnes eux aussi à la recherche de ces insectes. Ils decident alors de ne rien dire à Naruto.

L'heure de l'échange arrive, alors que Shino, Kiba et Naruto se rendent sur place, ils ont alors à faire à des clones en cire d'abeille et se mettent donc à la recherche d'Hinata, par un autre marché.

Suzume bachi coince Naruto, Kiba et Shino dans le repère des Kamizuru. Shino n'a alors d'autre choix que d'énerver la reine. Hinata tente de se débattre mais la prison de cire qui la retient prisonnière tombe dans les chutes ! Shino propose un marché aux Kamizuru : en échange d'Hinata, ils récupèreront l'insecte flaireur. Ils découvrent avec surprise que Hinata a disparu ! Naruto va se faire achever quand Hinata arrive ! Celle-ci se débarrasse sans difficulté des ninjas ennemis grâce au 64 poings du Hakke protecteur qui tranchent les abeilles et la reine. Mais Suzumebachi revient avec la reine que Naruto neutralise grâce au Rasengan. La mission se terminera par un échec à cause d'un pet émis par Naruto.

Nos héros doivent aider des mineurs opprimés par une famille. Leur chef est Raïga, l'un des sept ninjas renégats, ce qui serait une piste pour retrouver Sasuke car en fait, Raïga permettrait de trouver Kisame afin de trouver Itachi puis trouver Sasuke, mais cette piste est nulle pour 2 raisons car Sasuke à ce moment-là sait qu'il est trop faible pour défier Itachi et Raïga déteste les sept ninjas renégats.

Naruto, Lee, Neji et Tenten sont hébergés chez mémé Sancho, la mère de Karashi. Ils apprennent par cette dernière que son fils est parti de la maison et vont découvrir qu'il a rejoint la famille Kuruzuki.

Les quatre jeunes ninjas affrontent Raïga et après l'avoir battu, ils trouvent un sac où un petit garçon est enfermé à l'intérieur : il s'agit de Ranmaru, l'ami de Raïga. Karashi, bien qu'il ait promis à Lee de rejoindre sa mère, reste chez la famille Kuruzuki.

Naruto, Lee, Neji et Tenten retrouvent Karashi qui est resté chez la famille Kuruzuki et lui passent un savon. Le jeune homme décide finalement de rentrer chez mémé Sancho et se fait pardonner auprès d'elle. Les quatre jeunes ninjas vérifient l'état de Raïga avec l'aide de Ranmaru.

Raiga a été ressuscité par Ranmaru et revient a la charge.

Lee affronte Raïga pendant que Mémé Sancho, Tenten et Ranmaru apportent le curry providentiel à Naruto et Neji. Lee y a aussi droit puisqu'il a subi un assaut de Raïga qui le met hors-combat. Mais il devient ivre en mangeant ce curry et affronte à nouveau Raïga. Ranmaru tente de convaincre son ami de goûter le curry mais ce dernier ne lui pardonne pas de l'avoir trahi. Cette fois-ci, c'est Naruto qui affronte Raïga et le bat avec son Multiclonage.

Les genins sont assignés chef d'équipe aux petits de l'académie. Chacun avec son groupe, ils enseignent tous des choses essentielles aux plus petits, Lee vit un vrai bonheur en se faisant appeler Sensei. Quand Naruto et son équipe arrivent au pied du rocher, les choses se compliquent.