Le dresseur de Pokémon Alain souhaite combattre toutes les méga-évolutions existantes et il voyage à travers le monde pour atteindre son objectif. Il recherche d'abord Narcisse, membre de l'élite 4, qui, selon lui, possède une Méga-Gemme.
Sert de préquelle au film 17, il a été diffusé la semaine précédant la sortie du film. Afin de régler les problèmes du pays des minerais fait de diamant, Diancie et ses majordomes Strassie veulent provoquer le réveil de Xernéas, le Pokémon légendaire. Mais ils ne savent pas qu'au bout de leur périble, quelqu'un les attend...
Alain poursuit son voyage pour trouver et vaincre toutes les Mega Evolutions du monde. Il rencontre ensuite le champion de la région de Hoenn, Pierre Rochard. Pierre a également voyagé pour comprendre les secrets de la Méga Evolution et des Méga-Gemmes, mais tous deux sont pris au dépourvu lorsque Rayquaza apparaît dans le ciel.
Alain et Pierre doivent trouver un moyen d'arrêter un affrontement apocalyptique entre Groudon, Kyogre et Rayquaza avant que ces titans ne transforment la région de Hoenn en ruine.
Alain est de retour à Kalos avec Lysandre pour être testé dans un match contre dix Pokémon Méga Evolué. Alain perdra sa Méga-Gemme et sa pierre de gemme s'il échoue. Pendant ce temps, Marisson découvre des scientifiques effectuant des expériences sur un Pokémon inconnu, ce qui le conduit à être victime d'une mystérieuse maladie.