Sacha, Ondine et Pierre, toujours en route vers Jadielle passent par Azuria. Dans l'arène aquatique, les sœurs d'Ondine lui demandent de participer au prochain spectacle aquatique, dans lequel elle jouera le rôle d'une princesse. Mais durant le spectacle, la Team Rocket attaque et Sacha et Pierre sont obligés d'intervenir. Finalement, l'Otaria d'une des sœurs évolue en Lamantine et terrasse la Team Rocket.

Des Mélofées volent de nombreux objets partout dans la ville. Sacha et ses amis découvrent que ces objets servent à réparer leur vaisseau spatial.

Après la défaite de Régis face à Giovanni, le chef de la Team Rocket, Sacha combat Jessie et James et parvient finalement à avoir son badge Terre.

Revenu au Bourg-Palette, Sacha et ses amis rencontrent un Mr. Mime sauvage, mais celui-ci s'enfuit avant que Sacha puisse l'attraper. Ils rencontrent ensuite la propriétaire d'un cirque qui voudrait remplacer son Mr. Mime, car celui-ci ne veut plus faire de spectacle. Elle demande à Sacha de remplacer Mr. Mime en se déguisant en celui-ci. Mais durant la représentation, la Team Rocket capture le faux Mr. Mime.

La Team Rocket enlève le père Noël et ses Lippoutou pour Jessie, car elle n'a jamais eu de cadeaux de Noël. Sacha le délivre.

Sacha et ses amis doivent affronter une tempête de neige pour pouvoir aller dans une autre ville.

Sacha et ses amis sont à Bourg-Palette et rendent visite au Professeur Chen. Celui-ci reçoit aussi son petit-fils Régis et les informe de la date et du lieu du championnat de la ligue Pokémon. Mewtwo s'échappe du QG de la Team Rocket et de son chef Giovanni. La Team Rocket tente de s'emparer de Pikachu, mais échoue.

Sacha, Ondine et Pierre se rendent sur l'ile d'Ecume afin d'aider le Professeur Chen à découvrir le mystère de l'évolution des Ramoloss en Flagadoss. Sur l'île, un autre professeur, le professeur Westhood, étudie lui aussi ce mystère et ensemble ils arrivent à comprendre pourquoi les Ramoloss et les Kokiyas s'unissent pour former un Flagadoss.

Sacha, durant son entraînement pour la ligue Pokémon, découvre un spot de surf où doit arriver une vague mythique, il y rencontre Victor, un surfeur expérimenté et son Pikachu qui rêvent de surfer la vague mythique et ainsi réitérer l'exploit de son idole de jeunesse, Yann. La Team Rocket, en tentant de voler les deux Pikachu, permet à Victor de se trouver en mer au moment où la vague tant attendue arrive, Victor réussit ainsi son rêve.

Sacha, Ondine et Pierre doivent aller chercher de l'engrais à la pépinière Xanadu près du Bourg-Palette. Ils rencontrent la propriétaire de la pépinière Florinda. Celle-ci a un Ortide qu'elle a échoué à faire évoluer avec une Pierre Plante. Florinda veut vendre la pépinière et se sent incapable de s'occuper correctement de son Pokémon. Mais le Professeur Chen, qui passait par là, découvre que la Pierre Plante est en réalité fausse. En effet, la Team Rocket lui a vendu une fausse Pierre Plante. Sacha et ses amis décident de combattre la Team Rocket, mais ils sont figés par une balle paralysante créé avec des plantes de la pépinière, et seule l'Ortide de Florinda peut combattre. Elle réussit finalement à les terrasser grâce à Florinda qui reprend confiance en elle et décide de garder la pépinière.

Sacha et ses amis s'entraînent pour la ligue Pokémon. Ils rencontrent une dresseuse nommée Catherine et, pendant leur combat, le réalisateur de films Clevens Spielbong intervient. Celui-ci veut tourner un film sur une histoire d'amour entre sa star, un Grodoudou et un autre Pokémon. Un casting est organisé et c'est finalement le Psykokwak d'Ondine qui est choisi. Lors du tournage, la Team Rocket, dégoûtée de ne pas avoir été choisie, décide de saboter le film en volant tous les Pokémon acteurs. Grâce au Psykokwak d'Ondine, leur projet échoue et le film est un succès.

Sacha et ses amis sont invités à l'avant-première du nouveau film de Clevens Spielbong à Hollywood. La Team Rocket les suit et la ville fait resurgir des souvenirs à Miaouss. On apprend ainsi son passé, pourquoi il parle et se comporte comme un humain.

Sacha et Pierre rêvent de rencontrer Aldo, l'un des meilleurs dresseurs Pokémon de la ligue Pokémon. Ils se rendent au mont Cachetou, afin de le rencontrer et découvrir ses secrets. Aldo leur explique qu'il n'y pas de secret particulier et leur conseille de s'entraîner. En redescendant du mont Cachetou, ils rencontrent la Team Rocket, prise à partie par un Onix géant, celui qu'Aldo souhaite capturer. Ils tentent de le maîtriser, mais en vain. Cependant, Aldo arrive et combat contre l'Onix sans ses Pokémon. Au cours du combat, Aldo se rend compte que cet Onix souffre. En effet, il découvre un Sablaireau coincé entre ses anneaux. Plein de gratitude, l'Onix géant accepte de se faire capturer par Aldo. Aldo apprend à Sacha et ses amis que le seul secret à connaître, c'est que les humains et les Pokémon doivent vivre ensemble dans le monde.

Sacha et ses amis tombent sur un temple antique, lors de leur entraînement. Ce temple renferme un artefact, mais ils découvrent que cet objet est possédé par un Ectoplasma et un Alakazam géant qui passent leur temps à se battre. Heureusement, un Rondoudou géant apparaît et endort les deux adversaires et sauve tout le monde.

Sacha et ses amis se dirigent à présent vers le plateau Indigo. En chemin, ils rencontrent un autre dresseur accompagné d'un Ossatueur. Ce dresseur est malheureux, car il vient de se faire voler ses badges Pokémon par la Team Rocket. Sacha décide donc de l'aider à les récupérer et affronte la Team Rocket.

Sacha et ses amis se dirigent vers le plateau Indigo et croisent le porteur de la flamme Pokémon. Après discussion avec le président de la ligue Pokémon, Sacha et ses amis portent eux-aussi la flamme Pokémon le long du parcours, flamme dont l'origine est Sulfura, un Pokémon mythique. Au moment de la cérémonie dans le stade, la Team Rocket tente de s'emparer de la flamme de Sulfura. Heureusement, Sulfura se matérialise et terrasse la Team Rocket. La cérémonie d'ouverture peut avoir lieu.

Sacha entame son premier match contre Marc l'Epoustouflant, un des favoris de la ligue Pokémon. Ce dernier perd le match grâce au Krabby de Sacha qui évolue pendant le match en Krabboss et élimine coup sur coup les 3 Pokémon de Marc.

Sacha gagne son deuxième et son troisième match. Le deuxième grâce à Carapuce sur le terrain roche contre un Nidorino, et le troisième match grâce à Pikachu contre l'Arcanin d'Eric.

On arrive au 4ème tour. Régis perd son match et est éliminé de la ligue Pokémon. Sacha gagne finalement son match après avoir perdu deux de ses Pokémon durant le combat et c'est grâce à son Grotadmorv qu'il gagne son 4ème match.

Sacha se fait un nouvel ami nommé Richie et tous deux battent la Team Rocket durement, parce qu'ils avaient volé tous les Pokémon.

Sacha doit affronter Richie, mais arrive en retard à cause de la Team Rocket. Sacha choisit Carapuce et Richie choisit Papilusion. Papilusion gagne. Sacha met Pikachu qui bat Papilusion, mais perd contre le Salamèche de Richie. Il ne reste plus qu'un Pokémon pour Sacha et c'est Dracaufeu. Dracaufeu bat le Salamèche de Richie, mais dort contre le Pikachu de Richie. Sacha est éliminé de la ligue Pokémon.

Après la victoire de Richie face à Sacha en huitième de finale, c'est au tour d'Assunta de l'affronter pour les quarts. On ne voit pas le début du match, mais on peut voir les Pokémon des dresseurs défiler. Finalement, la manche finale oppose Sparky à Herbizarre. Le Pikachu de Richie est pris de vitesse. L'Herbizarre d'Assunta parvient même à éviter l'attaque Éclair et utilise l'attaque Lance-Soleil sur Sparky. Attaque fatale : le Pikachu de Richie est K.O. et Richie est éliminé à son tour. Contrairement à Sacha, il ne s'apitoie pas sur son sort et dit qu'on apprend beaucoup de ses défaites. Le soir-même, la finale qu'on n'a pas vue a eu lieu, et les trois meilleurs dresseurs sont sur le podium. Même Assunta n'a pas gagné cette ligue Indigo.