Le Projet Mew entreprend sa mission la plus importante : rencontrer enfin Mew ! Après que les Groudon et Kyogre furieux se sont révélés être en fait Mew, le Pokémon fabuleux montre à Goh et aux autres Aspirants une vision du début de l’univers. Il commence alors à les combattre avec des attaques extrêmement puissantes, mais Goh pense qu’il ne fait que jouer. Il dit à Mew qu’il a été une source d’inspiration pour une grande partie de sa vie et de ses aventures et qu’il lui en est reconnaissant. Jurant de le revoir un jour, il est stupéfait lorsque Mew apparaît soudain dans la paume de sa main — littéralement ! Mew repart, et les Aspirants retournent auprès d’un Professeur Amaranth reconnaissant.

Maintenant que Sacha a gagné son combat contre Tarak et que Goh a rencontré Mew, nos héros sont réunis. Mais Goh veut devenir un Dresseur plus compétent et envisage de faire son propre voyage, incertain de la réaction de Sacha. Tous deux vont camper avec Chloé, et ils partagent des souvenirs de leur vie avec leurs Pokémon. Soudain, Sacha déclare qu’il veut entamer un nouveau voyage avec Pikachu, provoquant la colère de Goh. Après une conversation à cœur ouvert avec Chloé, Sacha retrouve Goh, et les deux amis s’expliquent, lorsque soudain, Lugia apparaît ! Goh et Sacha se lancent alors dans un combat de raid !

Sacha et Goh profitent du feu de camp et de la joie suscitée par l’accomplissement de leurs objectifs. Mais quand Lugia apparaît, nos héros défient le Pokémon légendaire en Combat de raid ! Le combat est féroce, mais quand Sacha et Goh se retrouvent soudainement en danger, Lugia les sauve en les emportant sur son dos ! De leur perchoir, le monde et ses nombreux Pokémon les émerveillent… Quand ils arrivent à un embranchement, Sacha et Goh décident de se séparer. Cela leur évoque de nombreux bons souvenirs des jours passés, mais sachant que l’avenir est dans la paume de leurs mains, Sacha, Goh et Chloé se tournent maintenant vers un passionnant avenir.

Sacha et Pikachu voyagent seuls, visitant de nouveaux lieux et rencontrant différents Pokémon, et leurs découvertes les remplissent de joie ! Chen et Delia approuvent, eux aussi. Plus jeune, le professeur aimait se promener et découvrir de nouvelles choses, et Delia est impressionnée par l’objectif de son fils : se faire plus d’amis Pokémon. Alors que Team Rocket complote pour voler Pikachu, Sacha rencontre le Pokémon légendaire Latias, gravement blessé ! Notre héros lui administre les premiers soins, mais Latias reste prudent. Le lendemain, la Team Rocket capture Latias, mais Sacha et Pikachu contrecarrent leur plan, et le trio s’envole vers d'autres cieux. Tandis que Latias s’en va, Sacha se demande s’il le reverra un jour…

Sacha et Pikachu continuent leur voyage jusqu'à une plage de l’océan. Pikachu pêche un Flingouste avec sa queue, et Sacha est déterminé à l’attraper, mais quelqu’un d’autre le veut aussi ! Ondine apparaît et explique qu’elle poursuit Flingouste depuis un certain temps. Les deux Dresseurs décident donc de combattre pour décider qui aura la chance de l’attraper. Malheureusement, la TeamRocket est affamée et voit les pinces de Flingouste comme un repas potentiel, mais Écrapince et Flingouste travaillent ensemble pour les envoyer vers d'autres cieux. Sacha et Ondine combattent enfin, et Ondine gagne ! Flingouste rejoint son équipe, et peu de temps après, Ondine décide d’accompagner Sacha dans son voyage !

Nos héros voyagent avec Ondine, quand ils croisent Pierre, le Docteur Pokémon, devenu Chef, et Kathy, sa partenaire de cuisine. Mais Kathy va épouser quelqu’un d’autre, ce qui brise le cœur de Pierre ! Des choses étranges se produisent, et le cœur de Pierre est successivement comblé et brisé par amour, encore et encore ! Quand Pierre disparaît, nos héros font appel à Bibichut pour le retrouver. Ces événements étranges sont l’œuvre de Sorcilence, qui perçoit les émotions positives et négatives comme des bruits perturbants, et y réagit violemment. Sorcilence provoque chez nos héros des hallucinations qui les mènent au chaos ! Mais les compétences de médecin de Pierre font merveille, et une fois les premiers soins donnés à Bibichut, la négativité de Sorcilence est éliminée.

Nos héros explorent une forêt lorsqu’ils découvrent une montagne couverte de glace. Tout à coup, Moustillon trébuche, lançant son coupillage dans la patte d’un Polagriffe géant ! Mais Polagriffe est sympathique, et au vu de ses yeux tristes, il est évident que Polagriffe ne veut pas leur faire de mal. Il a besoin d’entraînement, et Sacha lui propose une séance spéciale pour Pokémon de type Glace ! Tout d’abord, Moustillon suggère à Polagriffe de faire un coupillage de glace. Mais après deux essais infructueux, la frustration de Polagriffe est à son comble, provoquant une fissure dans laquelle Sacha tombe, se tordant la cheville ! Mais Polagriffe contrôle sa puissance, met nos héros en sécurité et après les premiers soins de Pierre sur la cheville de Sacha, devient un Maître Glace sous les regards admiratifs de nos héros et des Pokémon !

Poursuivant leur périple, nos héros tombent sur une affiche annonçant un spectacle de l'Escadron de Pompiers Carapuce. Sacha reconnaît son Carapuce, le leader du groupe, et il fait sortir Bulbizarre et Dracaufeu pour voir leur ami. Tout le monde est impatient de voir le spectacle, et Carapuce est ravi quand il voit Sacha dans le public. Mais les actes de la Team Rocket causent un malentendu, et Carapuce est fâché quand il rencontre enfin Sacha et ses amis. Juste au moment où leur amitié semble compromise, un incendie éclate, et nos héros unissent leurs forces avec Carapuce pour éteindre l’incendie. Amis à nouveau, Sacha et Carapuce se font un câlin avant que l'escadron ne se remette en route vers la prochaine ville !

Ce qui commence comme une sieste pour nos héros finit par mal tourner quand la Team Rocket lance un filet sur Sacha et Pikachu ! Sacha parvient à envoyer la Team Rocket vers d'autres cieux, mais Pikachu est envoyé avec eux ! Pikachu et Miaouss se retrouvent alors dans une situation dangereuse et doivent faire équipe pour retrouver leurs amis. Pendant ce temps, Sacha, Ondine et Pierre doivent faire face à une nuée de Piafabec, une horde de Venipatte, et la tristesse de Sacha qui a perdu son partenaire. Jessie et James sont également tristes d’être séparés de Miaouss, mais heureusement, Sacha retrouve Pikachu, et peu après, Miaouss est recueilli par le ballon de la Team Rocket !

Sacha, Pikachu, Ondine et Pierre observent des Wailmer quand ils voient un Lokhlass nager en s’élançant vers eux ! C’est l’ami de Sacha, Lokhlass, de son voyage aux Îles Orange ! Lokhlass les conduit vers une île pleine de grottes où un Wailmer est coincé dans un trou. Nos héros libèrent Wailmer, mais il est si heureux qu’il rebondit dans un trou et évolue en Wailord. Maintenant, il est vraiment coincé ! Avec l’aide de la Team Rocket, tout le monde sort Wailord, mais Sacha est piégé dans une grotte. L’eau monte, mais Lokhlass et Wailord font un tunnel et Sacha arrive à sortir. Reconnaissant, Sacha dit encore une fois adieu à Lokhlass, qui rejoint son troupeau.

Sacha, Pierre et Ondine profitent de la vue dans une ville qu’ils n’avaient jamais visitée auparavant. Soudain, le calme est interrompu par les cris de plusieurs citadins ! La cause ? Un Branette qui semble déterminé à voler autant d'objets en forme de cœur que possible, y compris la pince à cheveux en forme de cœur bien-aimée d’Ondine ! Après une enquête plus approfondie (et une conversation avec l’agent Jenny), nos héros découvrent que Branette a perdu une photo de l’infirmière Joëlle quand elle était petite fille, et qu'il allait de maison en maison pour la chercher ! Quand la vérité est découverte, Ondine n’est que trop heureuse de donner sa pince à cheveux à Branette, et nos héros réunissent le Pokémon à son ancienne amie, redonnant le calme à une ville précédemment agitée !

Jessie, James, Miaouss et Qulbutoké ont une grosse surprise quand Cadoizo arrive du siège de la Team Rocket et leur livre leurs amis Pokémon ! Après d’agréables retrouvailles, ils inventent une ruse pour voler Pikachu. Feignant de fuir la Team Rocket, le Mime Jr. de James trompe Sacha, Ondine et Pierre, mais Pikachu n’est pas dupe. Les autres Pokémon de la Team Rocket ont réussi à séparer nos héros, laissant Pikachu tout seul, mais Sacha et ses amis arrivent juste à temps, ainsi que Latias ! Elle aide à vaincre la Team Rocket, puis montre à nos héros une vision d’un Latios en danger. Pendant ce temps, les Pokémon de la Team Rocket commencent à paniquer, en voyant que Jessie, James et Miaouss se séparent…

Après que Latias a montré à nos héros une vision mystérieuse de Latios en difficulté, Sacha et ses amis décident de l’aider. Ils découvrent que Latios tente de fuir un Chasseur de Pokémon ! Latias commence à paniquer quand son pouvoir de partage de vision perd le contact avec Latios, mais Pierre et Sacha réussissent à le convaincre de se reposer pour la nuit. Au matin, le groupe suit Latias jusqu’à une grotte où Latios se cache. Latios se méfie des humains, mais avant que Sacha puisse le convaincre de sa bonne volonté, le chasseur apparaît ! Malgré un combat féroce, Latias est capturée. Latios va devoir faire équipe avec Sacha pour sauver Latias et traduire le chasseur en justice.

Le temps est venu pour Sacha, Ondine et Pierre de se séparer et de rentrer chez eux. À Bourg Palette, Sacha raconte joyeusement ses aventures à Delia et aide à retrouver un Salamèche égaré. Pendant ses recherches, il rencontre Régis, qui demande à Sacha s’il est plus près de devenir un Maître Pokémon. Plus tard, dans la Forêt de Jade, une Team Rocket réunie les attaque, mais sa stratégie est contrecarrée par le Roucarnage de Sacha ! La Team Rocket s'envole vers d'autres cieux, et Roucarnage rejoint l’équipe de Sacha. Puis, Sacha réfléchit à la question de Régis et réalise qu’il n’a toujours pas atteint son but. Se promettant de devenir un jour un Maître Pokémon, il se lance dans un nouveau voyage avec Pikachu à ses côtés.