En arrivant à Flocombe, nos héros sont surpris de découvrir son Arène entièrement faite en glace! Après leur avoir souhaité la bienvenue, Zhu accepte le défi de Sacha, et un combat commence. Zhu choisit d'abord son Sorboul et Sacha son Escroco. Mais ce dernier est vite dépassé par les événements et Sacha choisit de le rappeler. Il appelle alors Baggiguane, qui va livrer son tout premier combat d'Arène !

Nos héros se dirigent vers Janusia et le prochain combat d'Arène de Sacha mais, à la grande déception de ce dernier, l'Infirmière Joëlle les informe que l'Arène est fermée. C'est à ce moment-là que surgit une énorme limousine. Un homme bien vêtu en sort et demande à parler à Rachid. Il jette ensuite le jeune Connaisseur et ses amis dans la limousine, qui démarre ! Il s'avère que cet homme est un majordome qui travaille pour un homme très riche du nom de Monsieur Germain.

En chemin vers Ondes-sur-Mer et le prochain combat d'Arène de Sacha, nos héros sont surpris de rencontrer un Sorbouboul accompagné de sa Dresseuse, qui n'est autre que leur amie Juliette. Iris, comme d'habitude, est terrorisée devant le Pokémon Glace. Juliette explique à nos héros qu'elle est en route vers un laboratoire appelé le centre de recherches Grindur, dirigé par le Professeur Malveaux.

Nos héros arrivent à Ondes-sur-Mer et, après s'être émerveillés sur l'histoire de cette ville, ils rencontrent leur ami réalisateur, Luc. Ce dernier vient de remporter le premier prix d’un festival grâce au film qu'il a tourné avec nos héros. Luc leur apprend qu'il est venu assister à l'ouverture du Pokéwood, un parc sur le thème du cinéma, dans l’enceinte des studios. Il les informe également qu'il va participer à un concours de réalisation pour lequel il aurait besoin de leur aide.

Sacha défie la championne Strykna, une jeune rockeuse spécialiste du type poison, dans le but de remporter son huitième badge de la région Unys. Cependant Strykna est un adversaire de taille, le poison de ses Pokémon est connu pour sa puissance et pour être impitoyable. Strykna est si forte qu'elle refuse d'affronter un adversaire à moins de le faire à trois Pokémon contre six. Sacha bien que déçu d'avoir un tel avantage relève le défi.

Sacha défie la championne Strykna, une jeune rockeuse spécialiste du type poison, dans le but de remporter son huitième badge de la région Unys. Cependant Strykna est un adversaire de taille, le poison de ses Pokémon est connu pour sa puissance et pour être impitoyable. Strykna décide d'affronter Sacha à trois Pokémon contre six, pour l'instant, Sacha a déjà perdu Géolithe et Déflaisan alors que le Smogo de Strykna vient seulement de tomber K.O Alors que le Manternel de Sacha venait de remporter une victoire, Strykna appelle Brutapode qui empoisonne directement Manternel qui s’effondre sur le sol.

Tout à la joie d'avoir remporté son huitième Badge d'Arène, et certain de pouvoir participer à la Ligue d'Unys, Sacha découvre que celle-ci n'aura lieu que dans trois mois. Nos héros sont déterminés à profiter de ce laps de temps pour s'entraîner sérieusement, mais seulement après avoir goûté les célèbres Polaglaces d'Ondes-sur-Mer, sur le conseil de Rachid. En faisant la queue devant le vendeur de ce délice glacé, Sacha remarque une silhouette familière. C'est Cynthia, le Maître de la région de Sinnoh. Elle a été invitée à participer à un match de démonstration lors de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament qui doit avoir lieu prochainement à Vaguelone.

Nos héros s'envolent avec Cynthia vers Vaguelone, et s'émerveillent des Pokémon variés qu'ils aperçoivent en chemin. À peine ont-ils atterri qu'ils sont conduits à la superbe maison de vacances de Cynthia, à bord d'une somptueuse limousine conduite par son majordome, Juan. Ils ne se doutent pas que Meloetta les a suivis jusque-là lorsque, soudain, elle apparaît dans la voiture, sur les genoux de Sacha. Mais elle est un peu timide et disparaît après quelques instants. Pendant ce temps, la Team Rocket observe leurs moindres mouvements.

Dans la maison de vacances de Cynthia à Vaguelone, Sacha, Iris et Rachid s'astreignent à un entraînement acharné en vue de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament. Aurore décide qu'ils ont besoin d'une pause et parle alors à ses amis d'une île déserte toute proche où vit un Onix hors du commun. Elle leur suggère d'aller l'explorer. Le majordome de Cynthia, Juan, les emmène sur l'île en bateau. Il les dépose sur le rivage et leur promet de revenir les chercher un peu avant le dîner. Il les avertit ensuite que l’île n’est pas sans dangers. Nos héros découvrent bientôt qu'il a dit vrai. Une immense grotte de l'île sert de foyer à un grand troupeau d'Onix.

Nos héros séjournent à la villa de Cynthia et se préparent à la Coupe Junior du Pokémon World Tournament. Sacha et Aurore terminent justement un combat sur une égalité, lorsqu'un jeune voisin nommé Adam, très inquiet, s'approche d'eux. Il explique à nos héros que son Polarhume est sorti, on ne sait comment, de sa maison Pokémon, la nuit dernière. Pourtant, la maison ne possède qu'une seule porte et Adam est sûr de l'avoir verrouillée de l'extérieur. Qui va bien pouvoir l'aider à résoudre ce mystère ? Le Connaisseur Détective Rachid, bien entendu.

Un Trioxhydre et un Dracolosse se livrent un terrible combat aérien. Leur affrontement dérange un vol de Poichigeon qui se retrouve pris entre les deux adversaires alors qu'il essaye de s'échapper. Dracolosse essaie de protéger les Poichigeon. Mais il s'expose ainsi aux attaques de Trioxhydre et s'écrase au sol. Dracolosse tente de décoller de nouveau, mais son aile a été blessée dans sa chute, et il s'écrase sur la centrale électrique, causant beaucoup de dégâts. Pendant ce temps, nos héros sont sur le point de commencer une nouvelle journée d'entraînement lorsque le courant est coupé dans toute la maison de Cynthia. L'Agent Jenny arrive alors pour demander l'aide de la maîtresse de maison.

Dans le stade d'Entrelasque, les spectateurs frémissent d'impatience. La Coupe Junior du Pokémon World Tournament est sur le point de commencer. Les combats seront commentés par Freddy Grandécran et le Maître Goyah. Le tournoi commence par un combat de démonstration qui oppose Cynthia, le Maître de la Ligue de Sinnoh, et Percila, membre du Conseil 4 d'Unys. Ces deux superbes Dresseuses rivalisent d'élégance, et ainsi la Sidérella de Percila et le Carchacrok de Cynthia finissent à égalité à la fin du temps imparti.

Le second tour de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament commence, et Sacha, Rachid, Iris, Aurore et Niko sont prêts à faire le maximum ! C'est un Niko plein de confiance en lui qui ouvre le feu et remporte rapidement une victoire éclatante en dépit de son désavantage de type. Il se qualifie ainsi pour les demi-finales. Pendant ce temps, Iris sort pour tenter de convaincre Dracolosse d'écouter ses ordres au cours du combat au lieu de faire ce qu'il veut. Mais le Pokémon têtu semble décidé à n'en faire qu'à sa guise, même si Cynthia intervient avec sa sagesse habituelle.

Le second combat de demi-finale de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament commence. Sacha et son Escroco vont affronter Iris et son Dracolosse. Dracolosse lance de puissantes attaques sur Escroco. Mais Escroco est déterminé à s'accrocher et finit par évoluer en Crocorible ! L'affrontement devient alors encore plus intense. Crocorible touche soudain Dracolosse avec une terrible attaque Dracogriffe, ce qui a pour effet immédiat de déclencher la colère du Pokémon Dragon. Ignorant à nouveau les ordres d'Iris, il lance attaque sur attaque de façon désordonnée. Iris tente désespérément de calmer Dracolosse.

Niko a gagné la Coupe Junior du Pokémon World Tournament, ainsi que le grand honneur de combattre Goyah, le Maître de la Ligue d'Unys ! Avec son Majaspic il tente une stratégie contre le Frison de Goyah, mais l'expérience et l'habileté du Maître sont écrasantes et Niko est battu. Le jeune Dresseur reçoit avec reconnaissance les conseils pleins de sagesse de Goyah et, en prenant congé de nos héros, il semble bien plus calme et plus heureux. Sacha, Iris, Rachid et Aurore sont encore surpris de cette métamorphose quand ils rencontrent Alexis, un jeune Dresseur plutôt turbulent, venu pour être le premier dans la file d’attente de la Coupe Junior.

Alexis, le nouvel ami de nos héros, a décidé de se rendre à l'Arène de Papeloa pour y gagner son huitième Badge d'Arène, et Sacha, Rachid et Iris ont décidé de l'accompagner ! En route, Sacha et Alexis se rendent compte qu'ils se ressemblent beaucoup, et se lancent dans de grandes discussions. Si bien qu'ils se trompent de chemin et ne s'aperçoivent pas qu'ils perdent de vue Iris et Rachid. Bientôt, leurs amis sont introuvables !

Sacha et Baggiguane s'entraînent pour la Ligue d'Unys lorsqu'ils sont témoins d’une dispute qui oppose un Furaiglon et un Vostourno ! Alors qu'ils essaient de calmer le conflit, une assistante de crèche Pokémon arrive pour s'occuper des deux Pokémon bagarreurs. Lilia se présente puis ramène Furaiglon et Vostourno à la crèche. Sacha, Iris et Rachid l'accompagnent. Quand Rachid apprend que Furaiglon et Vostourno se chamaillent sans cesse, ses compétences de Connaisseur Pokémon lui permettent de déterminer qu’il s’agit sans doute d’un problème de compatibilité.

Alors que Sacha s'entraîne dur dans la maison de vacances de Cynthia pour se préparer aux combats de la Ligue d'Unys, les membres de la Team Rocket finissent de mettre au point l'ultime étape de leur plan diabolique : l'Opération Tempête ! Après avoir regardé un combat d'entraînement, Meloetta veut prendre part à l'action ! Sacha et Crocorible acceptent de s'entraîner avec elle, lorsqu'un énorme Golemastoc atterrit dans la zone de combat. Son Dresseur, Hugo, accuse immédiatement Sacha d'être un bandit et d'avoir kidnappé Meloetta !

La Team Rocket a capturé Meloetta, l'a emmenée dans le Temple Englouti et a utilisé un enregistrement de son chant pour ramener le temple à la surface des eaux. L'Opération Tempête continue. Giovanni s'empare du mystérieux Miroir Sacré et l'utilise pour faire apparaître les trois Pokémon légendaires Boréas, Fulguris et Démétéros ! Le Protecteur de Meloetta, Hugo, explique que celui qui contrôle Meloetta contrôle aussi ces trois puissances ancestrales.