Lorsque Sacha voit les Pokémon légendaires Solgaleo et Lunala dans un rêve, il leur fait une promesse. À son réveil, cependant, il ne peut se souvenir de cette promesse. L’étrange Pokémon prénommé Doudou pourra-t-il raviver la mémoire de Sacha ? Accompagnés de Doudou et de leurs amis de l’École Pokémon, Sacha et Pikachu explorent la Fondation Æther, dédiée à la protection et aux soins des Pokémon. Mais tout n’est pas aussi idéal qu’il paraît. Sacha et ses compagnons vont devoir faire équipe pour protéger des amis et des Pokémon qui leur sont chers, et faire face à une puissance mystérieuse sans pareille.

Aujourd'hui, les élèves de l'École Pokémon vont modeler de l'argile ! Mais tandis que nos héros pensent à des Pokémon et à des endroits divers, ils disparaissent les uns après les autres pour réapparaître à l'endroit auquel ils viennent de penser ! Ils comprennent vite que Doudou utilise Téléport pour les emmener vers le lieu de leur pensée. Pendant ce temps, la Team Rocket est bien décidée à capturer Doudou. Ils y parviennent, mais Doudou utilise Téléport et les bandits sont ramenés auprès de Chelours, qui les emmène. Doudou réussit ensuite à revenir tout seul près de Sacha. Grâce à Téléport, notre héros a visité tous les endroits où se sont rendus ses amis ! De toute évidence, Doudou grandit vite !

Nos héros visitent le Paradis Æther, qui fait partie de la Fondation Æther dirigée par la mère de Lilie, Elsa-Mina. Une variété impressionnante de Pokémon vit dans la réserve naturelle, y compris un groupe de Métamorph qui attendent leur vaccin ! Le Professeur Pimprenelle demande à nos amis de l'aider tandis qu'Elsa-Mina est au téléphone, mais l'un d'entre eux s'échappe et entraîne nos héros dans une course-poursuite effrénée en ne cessant de se transformer ! Ils finissent par l'attraper, déguisé en Flocon, parce que Lilie réalise qu'elle ne peut pas la toucher ! Pendant ce temps, la Team Rocket se fait engager au Paradis Æther et a bien l'intention de s'emparer de Doudou lorsque soudain, les bandits découvrent le mystérieux laboratoire de Saubohne...

Sacha donne un bain à Lougaroc et, quand sa crinière se trouve accidentellement éclaboussée de boue, ce dernier fait preuve d'un tempérament particulièrement colérique ! Puis, alors que notre héros se demande à voix haute ce que devient Gladio, Doudou le transporte vers lui avec ses amis ! Ils rencontrent Silvallié, un Pokémon créé pour combattre les Ultra-Chimères, et Gladio est convaincu que Doudou en est une ! Gladio se méfie et voudrait savoir qui est Sacha et quel est son but. Notre héros lui propose alors un combat pour qu'ils apprennent à se connaître. Le Lougaroc de Forme Crépusculaire de Sacha va affronter le Silvallié de Gladio. Lougaroc combat de son mieux, mais il se met à nouveau en colère et finit par perdre le combat, faute d'expérience. Cependant, Gladio a décidé que Sacha est digne de confiance, et leur amitié grandit...

Nos héros font une soirée pyjama chez le Professeur Euphorbe, et le Professeur Pimprenelle accepte de se joindre à eux ! Tout le monde s'amuse, à part quelques petits ""hic""... Au cours d'un jeu, Kiawe lance sans le faire exprès Pyro-Explosion Cataclysmique dans la maison d'Euphorbe et le Goinfrex de Pimprenelle mange tout ce qu'elle avait cuisiné pour le dîner ! Pendant la nuit, Lilie n'arrive pas à dormir et le Professeur Pimprenelle lui donne quelques conseils concernant sa famille. Le lendemain, Doudou téléporte Lilie vers Gladio, qui se trouve avec Silvallié. Le Pokémon terrifie Lilie et la laisse apparemment à nouveau incapable de toucher les Pokémon !

Après avoir accidentellement aperçu Silvallié et Gladio, Lilie n'est à nouveau plus capable de toucher les Pokémon. Mais elle est bien déterminée à changer ça ! Avec l'aide de Doudou, elle visite différents endroits pour se remémorer l'origine de sa peur. Mais Saubohne, qui a créé Silvallié, ne veut pas de ça ! Pour être sûr que Lilie ne se souvienne de rien, il la capture et elle est à nouveau terrorisée. Mais Silvallié la sauve et elle se souvient que c'est également lui qui l'a sauvée dans son enfance ! Avec ce souvenir, sa peur de toucher les Pokémon s'évanouit définitivement !

Lilie peut à nouveau toucher les Pokémon ! Pendant que nos héros célèbrent la bonne nouvelle, Saubohne ourdit des plans pour se racheter aux yeux d'Elsa-Mina en invoquant une Ultra-Chimère, celle-là même qui a mis Lilie en danger quatre ans plus tôt ! Il kidnappe Doudou et le persuade de le téléporter dans son laboratoire de recherche au Paradis Æther. Sacha, Gladio, Lilie et Elsa-Mina poursuivent Saubohne et arrivent au moment où Doudou, terrifié, se transforme en chrysalide et qu'une Ultra-Brèche commence à s'ouvrir ! L'Ultra-Chimère connue sous le nom de UC-Parasite en sort et attaque Lilie, mais Elsa-Mina se jette devant sa fille et est avalée à sa place par UC-Parasite qui l'emporte dans l'Ultra-Brèche !

Après la disparition d'Elsa-Mina, capturée par une Ultra-Chimère et emportée dans une Ultra-Brèche, nos héros sont sous le choc et ne pensent qu'à voler à son secours. Mais Gladio affirme qu'il s'agit d'une affaire de famille et part dans la nuit avec Lilie, à l'insu de tous. Bien sûr, Sacha et ses amis ne l'entendent pas de cette oreille et vont trouver le Doyen Pectorius qui les oriente vers l'Autel du Soleil, sur l'île Poni. Pendant ce temps, Gladio et Lilie arrivent devant l'Autel et découvrent qu'il est gardé par un Pokémon Dominant : Ékaïser ! Grâce à Flocon et Silvallié, ils l'emportent sur le Pokémon Dragon et sont ensuite rejoints par nos autres héros. Sacha tente une fois de plus de convaincre Gladio d'accepter leur aide et cette fois le jeune homme, influencé par Lilie, y consent...

Nos héros sont tous réunis à l'Autel du Soleil, en compagnie des quatre gardiens des îles d'Alola. Lilie et Gladio demandent aux gardiens des îles de les aider à sauver leur mère, Elsa-Mina, qui a disparu, emmenée à travers une Ultra-Brèche par une mystérieuse Ultra-Chimère. Tokoriko et les autres gardiens se livrent alors à un rituel et le petit Doudou évolue en un puissant Solgaleo, l'un des Pokémon légendaires d'Alola. Sacha et ses amis s'installent sur son dos et, avec l'aide d'une nouvelle capacité Z, Solgaleo ouvre une Ultra-Brèche et les emmène sauver Elsa-Mina de l'Ultra-Chimère !

Nos héros ont traversé l'Ultra-Brèche mais quand enfin ils retrouvent Elsa-Mina, ils sont choqués d'entendre que celle-ci ne veut pas être sauvée ! Une Ultra-Chimère contrôle son esprit et Lilie, Sacha et les autres vont devoir la sauver malgré elle ! Leurs Pokémon sont à leurs côtés mais les Pokémon d'Elsa-Mina aussi sont prêts à tout, et ils sont aussi contrôlés par l'Ultra-Chimère ! Lilie rassemble son courage et tente de rappeler à Mélodelfe les joyeux souvenirs de son enfance. Sa douceur rassurante finit par payer et Mélodelfe se libère du contrôle de l'Ultra-Chimère. Pendant ce temps, toujours sur le dos de Solgaleo, Sacha continue à poursuivre Elsa-Mina et l'Ultra-Chimère.

Nos héros combattent les Pokémon d'Elsa-Mina, contrôlés mentalement par l'Ultra-Chimère, et Elsa-Mina refuse toujours d'être sauvée ! Quand Gladio comprend qu'ils ne peuvent pas gagner le combat sans vaincre l'Ultra-Chimère, Sacha lui suggère de lancer ensemble une capacité Z. Au lieu de cela, Gladio fait diversion avec son Pokémon tandis que Sacha lance une nouvelle capacité Z : Giga-Tonnerre ! L'Ultra-Chimère est vaincue, et Elsa-Mina redevient elle-même en entendant Lilie l'appeler ! Nos héros franchissent alors l'Ultra-Brèche dans l'autre sens et retrouvent Euphorbe et Pimprenelle, tandis qu'Elsa-Mina leur exprime sa reconnaissance !

Après leur voyage dans le monde des Ultra-Chimères, nos héros retournent à l'école Pokémon où Lilie les remercie une fois de plus d'avoir sauvé sa maman. Un peu plus tard, au cours d'une promenade sur la plage, le Professeur Euphorbe demande au Professeur Pimprenelle de l'épouser ! Ils n'ont pas prévu de fête de mariage, mais nos héros décident de leur en faire la surprise ! Après la fête, Elsa-Mina demande aux élèves de faire partie des Ultra-Gardiens, une organisation destinée à protéger Alola des Ultra-Chimères. Et juste après le lancer du bouquet, Solgaleo apparaît ! Sacha peut enfin remercier le Pokémon légendaire pour son aide, et il espère le revoir un jour...

Nos héros s'interrogent sur l'origine et les habitude du coéquipier du Directeur Chen : Dodoala. Après leur avoir raconté l'histoire de leur rencontre, Raphaël leur fait une démonstration del'étonnant talent de Dodoala : commbattre en dormant ! C'est le moment que choisi Rondoudou pour leur rendre visite. Comme toujours, son chant endort tout le monde et ils se réveillent avec des dessins sur le visage. Tous sauf Dodoala, ce qui donne une idée à Chen... Quand Rondoudou revient, Dodoala chante avec lui. Rondoudou tombe alors endormi et Dodoala dessine sur SON visage ! Mais en se réveillant, Rondoudou semble ravi de sa nouvelle apparence ! Dodoala a un nouvel ami !

Motisma-Dex est tout joyeux à l'idée de garder la maison pendant que Sacha et les professeurs vont faire des courses. Mais un véritable chaos se déclenche quand une machine à laver est livrée par erreur avec un autre Motisma à l'intérieur. Le Motisma Lavage et le Motisma-Dex échangent leurs places on ne sait comment ! Après toute une série de changement de forme, et même un passage dans la télé, Motisma-Dex n'aspire qu'à retrouver la paix du Pokédex. Il finit par y arriver mais pas pour longtemps ! Après avoir encaissé une attaque de Pikachu, il se retrouve en train d'occuper le Centre Pokémon tout entier !

Après toute une journée de shopping, la Team Rocket rencontre le premier amour de Vorastérie, Mentor, qui a toujours des sentiments pour sa protégée. Jaloux de James, il évolue en Prédastérie et empoisonne James. Ce dernier se met à délirer et à dire que Vorastérie serait plus heureuse avec Mentor qu'avec lui. Mais Vorastérie, en entendant cela, s'enfuit en pleurant ! Prédastérie, lui, ne supporte pas de voir pleurer Vorastérie et il défie James dans un combat dont l'enjeu serait Vorastérie. James lutte vaillamment et remporte la victoire, permettant ainsi à Vorastérie de reprendre sa place au sein de la Team Rocket.

Quand Cécile et Peggy expliquent à Néphie qu'un grand Pokémon les a sauvées alors qu'elles étaient perdues dans les bois, Barbara se souvient que Néphie et elle ont vécu une aventure similaire quand elles étaient petites. Les deux amies décident de retrouver ce Pokémon qu'elles avaient surnommé "Papy Forêt" afin de le remercier. Toujours partant pour une nouvelle aventure, Sacha se joint à elles avec Pikachu. Nos héros découvrent que le mystérieux Pokémon doit être un Draïeul et, en trouvant des arbres couverts des baies qu'il préfère, ils comprennent qu'ils sont sur la bonne piste. Après un bref combat contre la Team Rocket, les deux jeunes filles vont pouvoir retrouver leur ami d'enfance !

Les élèves de l'École Pokémon, le Professeur Euphorbe et le Doyen Pectorius se rendent sur le Mont Lanakila où ils rencontrent Céra, une star des Jeux Pokémon de Saut et de Glisse. Aidée de son Feunard d'Alola, Céra présente ce sport à nos héros, et Lilie et Flocon sont ravis d'essayer ensemble. Même après une chute, ils persévèrent et retrouvent leur confiance en eux ! Ils décident ensuite de participer au concours du lendemain, et Lilie et Flocon effectuent un très beau saut au cours duquel Flocon lance l'attaque Voile Aurore ! Le Doyen Pectorius gagne la compétition, mais Lilie est très heureuse d'avoir participé et progressé avec Flocon !

Elsa-Mina donne à nos héros leur première mission d'Ultra-Gardiens : capturer une Ultra-Chimère nommée Mouscoto, sortie d'une Ultra-Brèche sur l'île de Mele-Mele. Equipés d'engins sophistiqués, les Ultra-Gardiens localisent le Pokémon que l'anxiété de se trouver dans un monde inconnu a rendu agressif. Sacha et Kiawe remarquent que Mouscoto aime prendre des poses héroïques et ils entrent dans son jeu ! Une fois que Mouscoto a baissé sa garde, Sacha le capture à l'aide d'une Ultra Ball et Mouscoto rejoint bientôt son monde à travers l'Ultra-Brèche rouverte pour l'occasion. Mouscoto va manquer à nos héros, mais leur première mission est un succès !

La Team Rocket rencontre un Miaouss d'Alola, et Jessie et James admirent ses talents. Notre Miaouss, par contre, se rend vite compte que le nouveau venu cherche à prendre sa place ! Hélas, Jessie et James proposent au Miaouss d'Alola de rejoindre la Team Rocket et ils élaborent un plan pour capturer Pikachu ! Mais, au moment de le mettre à exécution, le Miaouss d'Alola disparaît... pour réapparaître au quartier général de la Team Rocket en tant que nouveau favori du Boss ! Jessie et James réalisent qu'ils se sont fait avoir mais Miaouss pousse un soupir de soulagement : tout est redevenu comme avant !

Le mystérieux Royal Mask et son coéquipier, Félinferno, sont les vedettes des Batailles Royales, des combats typiques d'Alola où quatre Pokémon s'affrontent jusqu'au dernier. Sacha assiste à un combat à la télévision et est impatient d'en livrer un. Et justement, le lendemain, l'occasion se présente ! Au Dôme Royal, le Flamiaou de Sacha se précipite sur le ring avec détermination pour défier Félinferno. Royal Mask accepte et Chrys et Kiawe complètent le quatuor. Tous sont vaincus par Félinferno mais Flamiaou garde sa motivation et le lendemain, au cours d'une revanche inattendue, il évolue en Matoufeu !

Toute l'école Pokémon est ravie de recevoir la visite d'un de ses anciens élèves les plus méritants : Althéo ! Sacha et Lilie écoutent avec stupéfaction les légendes qui courent au sujet du jeune Dresseur, et ils sont bien décidés à découvrir si elles sont vraies ! Mais la Team Skull s'intéresse aussi à Althéo. Tupp a bien l'intention de régler un vieux compte avec lui et il le défie d'affronter la Team Skull toute entière ! C'est alors qu'Althéo et Évoli font la preuve de leur talent en l'emportant sur les motards. Sacha aimerait beaucoup combattre à son tour l'impressionnant duo, mais il devra attendre une prochaine occasion car... le voyage continue !

Althéo, l'ancien élève de l'École Pokémon, apprend à nos héros toutes les ficelles d'un jeu passionnant : le Ping-Pong Pokémon ! Althéo doit participer à un tournoi au cours duquel il compte prendre sa revanche sur Rageant, le gagnant de l'année précédente. Mais si Althéo pense que le respect de son partenaire est la clé du succès, Rageant, lui, adopte une stratégie plus agressive et après avoir hurlé maintes fois sur son partenaire, Shaofouine, il perd sa concentration et Althéo et Queulorior remportent alors la victoire !

Au cours d'une présentation devant la classe sur le thème du ciel nocturne d'Alola, Chrys évoque la possibilité que de nombreux Pokémon inconnus vivent dans l'espace... Pendant ce temps, un joyeux et mystérieux Pokémon sillonne le ciel. Elsa-Mina et la Fondation Æther déterminent qu'il s'agit d'une Ultra-Chimère... qui aime tout particulièrement Pikachu ! Elsa-Mina le nomme Vémini et demande à Sacha d'être son coéquipier, ce que notre héros accepte avec joie. Même si Vémini est un peu blagueur, nos héros sont impatients de voir en quoi une Ultra-Chimère dans la famille va influencer leurs aventures !

Sacha et ses amis se réjouissent de passer une journée « sur le terrain », à travailler au Centre Pokémon. Mais l'Infirmière Joëlle a pris froid et ils se retrouvent bien plus sollicités qu'ils ne s'y attendaient. Nos héros prennent soin des Pokémon du Centre et apprennent les ficelles du métier. Ils découvrent bien vite que ce n'est pas facile et que les Pokémon ont tous des besoins différents. Y compris le Miasmax de la Team Skull qui souffre d'occlusion venimeuse. Nos héros vont tout faire pour l'aider et le guérir, juste au moment où l'Infirmière Joëlle, elle aussi, commence à se sentir mieux !

L'un des contes préférés de Chrys est « Le vaisseau spatial Bamboise », qui raconte l'histoire d'une étoile tombée dans une bambouseraie et qui y vécut jusqu'à ce qu'elle puisse enfin revenir sur la lune ! Quand nos héros apprennent qu'une Ultra-Chimère nommée Bamboiselle vit une situation similaire, ils sont stupéfaits, mais Chrys, lui, n'est pas surpris ! Les Ultra-Gardiens passent à l'action pour aider Bamboiselle à rentrer chez elle, mais ils doivent être prudents : l'Ultra-Chimère est bourrée de gaz inflammables ! Heureusement, les efforts de nos héros portent leurs fruits, et Bamboiselle s’envole vers la lune sans abîmer la bambouseraie !

Un promoteur du nom de Kablo vient déranger les travaux de Kiawe à la ferme pour proposer à ses parents d'acheter le domaine pour y construire un hôtel. Les parents de Kiawe refusent et Kablo commence à les harceler, d'abord en achetant les terres au-dessus des leurs et en détournant la rivière, puis en menaçant de tout raser avec ses bulldozers ! Kiawe lui lance alors un défi : si Ossatueur et lui peuvent vaincre Kablo et son Élekable, Kablo renoncera à acheter la ferme. Kiawe et Ossatueur envoient Élekable au tapis avec une capacité Z, juste au moment où l'Agent Jenny arrive pour arrêter Kablo pour fraude !

Sur l'île de Mele-Mele, un Araqua quitte son nid pour chercher un point d'eau où il pourrait vivre. En chemin, il est assez mal accueilli par certains Pokémon qui n'aiment pas les intrus. Araqua porte une bulle d'eau sur la tête qui lui permet de respirer sur la terre ferme. Et quand il aperçoit Néphie coiffée de l'une des bulles d'air d'Otaquin, il pense qu'elle aussi est un Araqua ! Les élèves de l'école Pokémon vont observer Araqua dans sa quête. Leur nouvel ami finira, après un glorieux combat, par trouver l'étang de ses rêves et y bâtir un nid en pensant à Néphie !

Le Festival du Pain d'Alola annuel va bientôt avoir lieu et le frère de Barbara, Ulu, est revenu à la maison uniquement pour y participer ! Quand Nina, du restaurant de pancakes, s'arrête pour souhaiter bonne chance à Ulu, ce dernier lui promet de gagner pour elle. Malheureusement, toutes ses Baies Résin sucrées disparaissent et nos héros vont devoir voler à son secours. Barbara suggère de faire de la confiture avec les Baies Résin amères et de l'étendre sur les pains de son frère. Et ça marche ! Le pain de nos héros remporte le premier prix ! Malheureusement, Ulu découvre que Nina est fiancée à quelqu'un d'autre et il décide de reprendre immédiatement son voyage…

Vorastérie, le Pokémon de James, maîtrise une attaque de type Ténèbres et les bandits y voient l'occasion de lancer des capacités Z avec leur cristal du même type. Le Boss les envoie alors sur l'île d'Ula-Ula pour obtenir un Bracelet Z. Pendant ce temps, à la bibliothèque, la jeune Margie lit aux enfants l'histoire d'Avide Rapooh... qui s'avère être un Ectoplasma très voleur qui dérobe le Cristal Z de la Team Rocket avant de s'enfuir avec Margie sur le dos ! En voyant que la Team Rocket combat l'Ectoplasma, le Doyen Danh leur donne un Bracelet Z. Et après le combat, Margie leur remet un Cristal Z spécial pour Mimiqui.