Tout juste mariée à Michael, Sara est arrêtée pour le meurtre de Christina et internée dans la prison d’état de Miami où sont incarcérés T-Bag, le général Krantz et Gretchen. Le FBI réintègre Mahone pour surveiller Michael. Justement, celui-ci prépare un plan pour faire évader sa femme…
Michael prévoit de faire évader Sara par les airs, destination le Costa Rica. Le jour prévu, une émeute éclate au pénitencier dans le quartier des femmes…