Clover et Mandy se disputent le titre de reine du lycée. Au même moment, dans une contrée africaine, des malfrats agressent Tassara, la reine de Lyrobie.
En arrivant au quartier général de l'organisation secrète Woohp, Sam, Alex et Clover apprennent que Jerry a pris sa retraite et qu'il est remplacé par Mac Smit.
Sam sauve la vie de Mandy lors du cours d'art plastique. Celle-ci lui voue alors une reconnaissance éternelle, au point de vouloir devenir sa meilleure amie.
Des savants sont kidnappés. Chargées de l'enquête, Sam, Clover et Alex découvrent que le père d'un élève de leur école est à l'origine de ces enlèvements.
Sam, Alex et Clover participent à une émission de téléréalité pour tenter de découvrir la vérité sur la disparition mystérieuse de plusieurs candidats.
Un informaticien configure son ordinateur afin qu'il nuise à ceux qui l'ont persécuté autrefois. Sam, Clover et Alex tentent d'arrêter cette machine infernale.
Un fabricant de biscuits met au point un produit dont la consommation engendre une rapide obésité. Sam, Alex et Clover tentent de neutraliser le malfrat.
Les Spies enquêtent sur des enlèvements perpétrés par des extraterrestres et sur une organisation secrète, tandis qu'Alex passe son permis de conduire.
Alors que Sam et Mandy participent à un concours d'orthographe, les Spies doivent affronter des pom-pom girls sans scrupule et leur impitoyable entraîneur.
Sam craque pour un nouvel élève du lycée, mais elle découvre bientôt qu'il se sert d'elle afin de subtiliser à l'armée un sérum d'invisibilité gardé secret.
Les Spies sont à la recherche d'un bandit qui a inventé un appareil capable de capturer les champions des sports extrêmes pour les propulser dans un jeu vidéo.
Un sinistre fabricant de jouets répand dans le monde entier des jouets qui prennent le contrôle de l'esprit des adultes et les font retourner en enfance. Dans la sous-intrigue, Clover essaie de se comporter d'une façon un peu plus mature pour que Rick, un élève d'une classe supérieure, s'intéresse à elle...
Sam, Alex et Clover enquêtent sur un voleur d'objets d'art et découvrent avec surprise que toutes leurs pistes les mènent à un magicien censé être mort.
Un bandit remplace les grandes figures de ce monde par des animations afin de transformer la planète en un gigantesque et dangereux parc d'attractions. Sam, quant à elle, affronte sa peur des sports extrêmes...
Dans les centres commerciaux des plus grandes villes du monde, les gérants d'une chaîne de boutiques kidnappent leurs clients et les transforment en terroristes.
Sam, Alex et Clover affrontent Lumière, un réalisateur dément, qui a enlevé les plus grandes stars du cinéma pour les obliger à jouer dans son prochain film.