Un mystérieux personnage a dérobé des gadgets high-tech dans plusieurs laboratoires secrets. Les espionnes sont dépéchées sur place pour mener l'enquête.
Un concepteur de logiciels a créé un virus informatique qui transforme tous ceux qui y sont exposés en disciples loyaux : les Spy Girls mènent l'enquête.
Les Spy Girls découvrent qu'un malfaiteur a remonté le temps pour persuader Jerry, plus jeune, de créer un WOOHP différent qui répandrait partout le mal.
En enquêtant sur d'étranges disparitions, les filles découvrent un cirque rempli de créatures extraordinaires et un Monsieur Loyal particulièrement maléfique.
Des barres vitaminées, créées par un ancien Mister Univers, développent dangereusement les muscles des sportifs qui en consomment. Les espionnes mènent l'enquête.
Un dentiste aigri, qui autrefois connut une renommée mondiale, veut se venger de ceux qui ont ruiné son cabinet en maltraitant la dentition de ses patients.
Les espionnes doivent sauver leur collègue Britney, coincée sur une île qui tient lieu de pénitencier pour les pires criminels que le WOOHP ait arrêtés.
Alors que Sam et Alex la critiquent sur son manque d'enthousiasme au travail, Clover surprend ses amies lors d'une mission, en éliminant le méchant toute seule.
Alors qu'Alex refuse de révéler qui elle préfère, de Sam ou de Clover, un journaliste anglais invente un gaz qui oblige ses victimes à toujours dire la vérité.
Jerry propose aux filles de devenir agents d'élite du WOOHP. Elles suivent une formation avec un séduisant jeune homme, mais celui-ci est fait prisonnier.
Les filles sont face à un dilemme : pour sauver Dean, elles doivent éliminer Jerry, mais elles parviennent à le contacter et à élaborer un plan de secours.
Accompagnées de Jerry, Sam, Clover et Alex se lancent à la poursuite de Terence et de Dean, afin de les empêcher de déclencher le projet «Droïde-Espion».