Un électricien inspecte des lignes électriques en rase campagne. En haut d'un poteau électrique, il est gêné par une abeille, qu'il écrase machinalement. Ce geste n'échappe pas au groupe d'enfants qui vient d'arriver sur les lieux ; cinq garçons, blonds, parfaitement identiques. L'électricien est soudain pris de vertiges. La chute lui est fatale. Avant de mourir, il est entouré par les garçons qui le regardent agoniser sans manifester la moindre émotion.

La découverte du cadavre d'un nouveau-né affligé d'épouvantables malformations mène Mulder et Scully dans une petite ville en Pennsylvanie où tous les habitants se considèrent comme une grande famille. Ils y font la connaissance du clan Peacock, issue d'une lignée complètement dégénérée à cause des années de consanguinité...

Au cours d'un trajet en avion, un homme d'affaires afro-américain est retrouvé mort, dépourvu de toute pigmentation : ses cheveux sont devenus blancs, ses yeux ont perdu toute couleur et reflètent une indicible terreur. L'autopsie d'une seconde victime révèle une graine de fleur tropicale originaire d'Afrique de l'Ouest. Lorsque Mulder rend visite à l'ambassadeur du Burkina Faso, celui-ci lui fait part du mythe de Teliko, un monstre légendaire qui viderait les hommes de leur pigmentation...

Dans l'État du Michigan, certaines jeunes femmes victimes d'un kidnappeur sont endormies au moyen d'un sédatif et emmenées dans un endroit secret et reculé pour être lobotomisées. En essayant un nouveau photomaton, Mulder reçoit une photo de Scully entourée de démons...

Un groupe d'agents du FBI, parmi lesquels se trouvent Mulder et Scully, prend d'assaut les locaux d'une secte religieuse. Leur chef n'est néanmoins pas retrouvé et Mulder, mu par une force incontrôlable, se dirige vers un ancien bunker de la guerre de sécession. Il y découvre alors Ephesian, le leader de la secte, entouré de six jeunes femmes prêtes à avaler un poison mortel. En interrogeant sous hypnose une des membres du groupe, Mulder se rend compte qu'ils se sont connus dans une vie antérieure…

L'unité de chirurgie esthétique d'une clinique est le théâtre d'un meurtre atroce d'un des patients par un chirurgien qui affirme avoir été possédé au moment du crime. Les investigations mènent Mulder et Scully sur la piste d'une infirmière soupçonnée de pratiques sataniques...

Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour l'agent spécial Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime... En 1962, on retrouve la trace de l'homme à la cigarette à Fort Braggs. Agé d'une trentaine d'années, ce capitaine au parcours exemplaire mais dont le père, espion au profit de l'URSS, a été condamné à mort, est un jour convoqué par plusieurs responsables militaires. Ces derniers critiquent l'attitude de la Maison Blanche dans l'affaire de la Baie des Cochons...

Mulder a reçu des informations d'un contact anonyme au sujet d'un probable attentat à Oklahoma. Mais pendant l'intervention du FBI, Mulder et Scully partent à la poursuite d'un camion transportant des explosifs et y retrouvent Alex Krycek, qui s'avère être le nouvel informateur. Celui-ci dirige les agents vers un diplomate, pour récupérer un fragment de météorite dont il est en possession. Mais alors que le Dr Sacks l'examine dans son laboratoire en le perçant, un liquide noirâtre jaillit et libère des vers qui envahissent aussitôt son corps et le paralysent...

Emprisonné avec Krycek dans un goulag en Russie, Mulder parvient à s'échapper en détournant un camion de livraison. En cavale dans la nature, il est poursuivi par le chauffeur du camion, qui le rattrape et finit par lui expliquer que de nombreuses personnes dans la région ont pu échapper à la torture au goulag en se laissant amputer du bras gauche. Quant à Scully, elle est toujours auditionnée par une sous-commission de sénateurs au sujet de la disparition de Mulder...

Grâce à une sorte de rêve prémonitoire, Mulder retrouve le corps d'une petite fille assassinée et enterrée dans un parc. Le tueur ayant découpé dans ses habits un morceau de tissu en forme de cœur, l'agent retrouve alors la marque de John Lee Roche, qu'il a autrefois arrêté. Roche avoue treize crimes, mais lors d'un second rêve, Mulder découvre la cachette du cahier regroupant les cœurs de tissu et s'aperçoit qu'il en contient seize. Roche parle alors de la sœur de Mulder...

Une étrange pluie jaune est tombée sur un camp d'immigrés hispaniques, en Californie. Le corps de Maria Dorantes est retrouvé dans une flaque du mystérieux produit, le nez, les yeux et les lèvres presque entièrement rongées. La communauté évoque immédiatement El Chupacabra, une créature mexicaine populaire. Mais il s'avère également que le jeune homme qui l'accompagnait, Eladio, est soupçonné par son propre frère d'être l'assassin. Celui-ci, qui se trouvait être le petit ami de Maria, est convaincu que la jalousie a poussé son frère à commettre le crime...

Au cours d'un accident de la route, l'ambulancier Leonard Betts est décapité. Quelques jours plus tard, son corps disparaît de la morgue, laissant à Scully la possibilité d'examiner un tissu provenant de sa tête. L'agent s'aperçoit que ses cellules étaient toutes fortement cancéreuses. Mulder en conclut alors que Betts devait posséder un incroyable pouvoir de régénération. En allant interroger sa mère, les agents apprennent que Betts est mort dans un accident de voiture six ans auparavant...

Avant de partir en vacances, Mulder confie à Scully des affaires qu'il aimerait voir résolues. Pourtant décidée à profiter de son absence pour prendre soin d'elle-même, Scully suit la piste d'un Russe, supposé avoir des informations sur les extraterrestres. Au cours de l'enquête qui la conduit chez un tatoueur, elle rencontre Ed, un jeune homme qui vient de se faire tatouer une Pin-up sur le bras et l'invite à dîner. Mais le lendemain, des inspecteurs informent Scully que la voisine de Ed a disparu et qu'il a laissé du sang dans l'appartement...

Scully vient d'apprendre qu'elle est atteinte d'une tumeur inopérable, située entre les sinus et le cerveau. Elle décide de contacter une association de femmes, qui ont autrefois été enlevées et ont toutes développé la même maladie après s'être fait ôter une plaque de métal du cou. Parallèlement, Mulder soupçonne le Dr Scanlon, qui a traité le cancer de toutes ces femmes, d'être à l'origine des enlèvements...

Issac Luria, un commerçant juif de la communauté hassidique, est victime d'une bande de truands. Quelques jours plus tard, après son enterrement, l'un des assassins est découvert, à son tour, étranglé avec les empreintes d'Issac Luria sur son corps. Dans le quartier, la rumeur annonce qu'Issac Luria est revenu pour se venger...

Une foule importante est agglutinée aux alentours du Memorial des vétérans du Vietnam de Washington. Pour marquer le début de l'importante cérémonie commémorative, le général Benjamin Bloch monte sur le podium et entame son discours. Pendant ce temps, à quelques centaines de mètres de là, Mulder, Scully et d'autres agents du F.B.I. traquent fiévreusement un homme armé qui s'est glissé dans la foule...

Alors que Mulder et Scully fêtent le 33ème anniversaire de Dana dans un pub, une femme les approche et leur annonce que son frère, Max Fening, est mort dans un accident d'avion. Sur le lieu du crash, les agents extraient des décombres un corps apparemment brûlé par de fortes radiations. Quant aux surveillants de la tour de contrôle, ils affirment avoir perdu tout contact radio avec l'avion et avoir repéré un radar inconnu qui pénétrait dans l'espace aérien de l'avion...

Alors qu'il plonge pour étudier la carcasse d'un OVNI tombé en mer, Mulder est attrapé et fait prisonnier par des militaires. Libéré de prison sous caution, Mulder, accompagné de Scully, se rend au mobile-home de Max Fening, dans lequel ils découvrent une cassette. Max y affirme avoir des preuves irréfutables que l'armée américaine a utilisé des technologies extraterrestres pour les appliquer à ses propres programmes...

Un scientifique est renversé par un autobus alors qu'un vieil homme venait de lui prédire l'heure exacte de sa mort. Mulder et Scully sont amenés à soupçonner l'un de ses collègues, Jason Nichols, qui aurait pu pousser John Menand sous le véhicule du meurtrier. Peu de temps après, un gardien puis un savant japonais sont retrouvés morts, comme congelés. Troublante coïncidence, Menand et Nichols menaient d'importants travaux dans le domaine de la cryogénie...

Sur le point d'accoucher, une jeune femme confie à son infirmière que le père de son enfant est un extraterrestre. L'enfant vient au monde doté de la «queue du diable». C'est le 5ème enfant né, en quelques semaines avec cette difformité : toutes les mères ont subi une insémination artificielle. La nouvelle s'affiche à la Une de plusieurs journaux... Mulder et Scully se rendent aussitôt en Virginie...

Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes. Le coupable n'est autre que Walter Skinner ! Venant récupérer ses preuves sous l'identité de l'agent Mulder, il rencontre, malencontreusement, un collègue qui avait lié connaissance, sur Internet, avec le vrai Mulder. Skinner l'éconduit. L'homme est retrouvé mort...

Un gérant de bowling, Angie Pintero, aperçoit une jeune fille coincée dans la machinerie de la piste. Elle prononce quelques mots, mais personne ne semble l'entendre... Quelques temps après, la même jeune fille est retrouvée morte. Pintero avait bel et bien vu un fantôme ! Après que les premiers soupçons se tournent vers Harold Spuller, un malade mental, l'enquête prend une autre tournure. Scully voit en effet apparaître un spectre alors qu'elle est victime d'un de ses saignements de nez réguliers. Déstabilisée, elle décide d'aller voir le psychiatre du FBI pour lui raconter ses problèmes et surtout cette vision qui la plonge dans un doute profond...

Mulder se réveille au beau milieu d'un cauchemar mettant en scène sa sœur et un couple. Il est quelque part dans la chambre d'un motel, maculé de sang. Réveillé au beau milieu de la nuit, Scully vient à sa rescousse pour apprendre que Mulder ne se souvient plus de rien concernant la nuit passée. En outre, des balles manquent dans son chargeur. Mulder et Scully, partant en chasse, retrouvent la piste d'une dénommée Cassandra...

Après la découverte d'un extraterrestre conservé par le froid d'un sommet du Canada, Mulder et Scully sont appelés afin d'étudier le corps. Alors que Scully prélevait un échantillon de glace, elle est attaquée par un chercheur du Pentagone, Michael Kritschau, qui semble en savoir beaucoup sur l'extraterrestre. Kritschau affirme à Mulder que le gouvernement a planifié cette découverte afin de détourner l'attention de ses propres activités. Tout ce en quoi Mulder croit pourrait être totalement faux...