Après un terrible cauchemar dans lequel elle a rêvé de Mulder, Scully rejoint les bureaux du FBI. A son arrivée, des agents sont en train de fouiller le bureau de son partenaire. Kersh, qui vient d'être promu directeur, a lancé une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder. Scully et Skinner apprennent que John Doggett, un agent spécial du FBI, est chargé de mener cette enquête. Entre Scully et Dogett, le courant passe mal : Il ne veut pas entendre parler de leurs théories sur les extraterrestres. De plus elle pense que Doggett l'a mise sous surveillance...

Alors que Doggett tient en joue Mulder, celui-ci se jette volontairement dans le vide du haut d'une falaise. Mais en s'écrasant sur le sol, le corps de Mulder disparaît. Pour Scully, ce n'était pas Mulder mais un "bounty hunter" c'est à dire une personne capable de se transformer en quelqu'un d'autre. Le but de cet individu est de kidnapper Gibson, un enfant capable de lire dans la pensée des autres. Scully pense que cet enfant peut lui apporter des réponses sur le sort de Mulder et lui permettre de le retrouver...

Une série de meurtres étranges vient d'avoir lieu dans une petite ville de l'Idaho, et Scully et Doggett s'y rendent pour mener leur première enquête. Il semblerait qu'une créature, mi-humaine, se jette sur ses victimes qui succombent ensuite à leurs morsures... Les deux agents passent au peigne fin la maison de la dernière victime. Après avoir relevé les empreintes, ils trouvent deux doigts humains, ainsi que d'énormes traces de griffes...

Dans la région désertique de Juab County, dans l'Utah, un auto-stoppeur, Hank Gulatarski, monte à bord d'un bus. Mais peu de temps après, le bus s'arrête et tous les passagers en descendent. Alors qu'il les suit, marchant dans le désert, Hank assiste à une scène d'horreur : sans raison particulière, plusieurs passagers du bus s'en prennent alors à un jeune handicapé et le battent à mort. Quelques temps plus tard, Scully est appelée pour effectuer l'autopsie du jeune homme. Mais une fois sur place, elle se trouve piégée dans le désert...

En 1990, un petit garçon de dix ans, Billy, disparaît alors qu'il jouait dans l'aire de jeux de son école. Lisa, sa mère, n'a pas vu ce qui s'est passé. Dix ans plus tard, Lisa a eu un autre petit garçon, Josh. Un jour, en allant le chercher à l'école, elle est frappée de stupeur en trouvant Billy à l'endroit exact où il avait disparu. Le plus étrange est que le garçon n'a pas vieilli...

Martin Wells se réveille en prison, avec quelques blessures fraîchement suturées sur son visage. Un gardien entre dans sa cellule et le conduit dans un corridor, où il est bientôt entouré par d'autres officiers de la sécurité. Martin, complètement désorienté, reconnaît John Doggett et le supplie de lui expliquer ce qui se passe... Martin est ensuite escorté jusqu'à une camionnette, entourée par une horde de reporters. Il reconnaît alors un autre visage familier : celui d'Al Cawdrey, son beau-père. En un instant, celui-ci sort son revolver et lui tire dessus. Martin s'effondre et peu de temps avant de rendre le dernier souffle, il regarde la montre de l'agent Scully et remarque alors que les aiguilles s'arrêtent, puis qu'elles se mettent à tourner à l'envers...

Doggett et Skinner enquêtent à Pittsburgh, où un massacre a eu lieu. La maison renfermait une secte mise sous surveillance dans le cadre d'une affaire de trafic de drogue. Vingt membres du culte religieux sont retrouvés morts, tous tués d'une blessure au front. Cependant, leur gourou, Anthony Tipet, a disparu. Les corps de Jim Leeds et Angus Stedman, les deux agents chargés de la surveillance, sont également découverts avec la même blessure à la tête...

Carlton Chase se trouve dans une rue à Worcester et cherche désespérément à joindre quelqu'un d'un téléphone public, mais personne ne décroche. Une ombre se dresse devant lui. Il cherche à lui échapper et se rue dans une station de police. Hystérique, il cherche à se saisir de l'arme d'un officier, mais il est rapidement maîtrisé et emmené dans une cellule. Soudain, sa tête explose. Le lendemain matin Scully examine la cellule aux rayons x et détermine que le coup qui a abattu Chase venait de deux étages plus haut. Comment le tueur a pu réussir un coup aussi chanceux ?

Nora Pearce a perdu son mari, Ray, pendant la guerre du Golfe. Elle pense qu'il est mort des suites d'une exposition à un produit chimique inconnu et se confie à Curtis Delario, un ami de son défunt époux. Mais, lorsque ce dernier rentre chez lui en voiture, il a une apparition de Ray debout au milieu de la route...

De retour d'un voyage en Inde, un américain, Hugh Potocki, est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel aux Etats-Unis. Sur place, Scully et Doggett enquêtent et remarquent l'empreinte d'un doigt minuscule près d'une flaque de sang. Le plus étrange réside dans l'autopsie pratiquée par Scully : celle-ci révèle que le décès remonte entre 24 et 36h, certifiant que Potocki est mort en Inde...

Doggett se rend à Squamash, en Pennsylvanie, afin d'enquêter sur un rapport déclarant que Mulder a été aperçu dans la demeure de Paul et Marie Hangemuhl. Quelques mois plus tôt, Mulder avait interrogé Marie dans le cadre d'une affaire. Dans la maison des Hangemuhl, Doggett découvre trois impacts de balles replâtrés dans les murs. Curieuse coïncidence : il trouve un revolver dans lequel il manque trois balles dans l'appartement de Mulder.

Dans le métro de Boston, dans le Massachusetts, un policier en civil tente d'appréhender un gangster. Tous deux se retrouvent face à face, seuls à bord du métro en marche. Mais soudain, le train fait une halte inopinée, en proie à une panne de courant. Plus tard, le policier est retrouvé mort, le corps lacéré à certains endroits...

Au FBI, Doggett présente Duffy Haskell à Scully. L'homme prétend que sa femme, Kath, victime de nombreux enlèvements par les extraterrestres, a été assassinée par les médecins après avoir donné naissance à leur enfant, probablement d'origine extraterrestre. Il semblerait que Kath ait vécu la même histoire que Scully : elle a également contracté un cancer, puis a été guérie...

Dans la région isolée d'Helena, Richie Szalay remarque un OVNI dans le ciel et tente de le suivre en voiture. C'est alors que l'OVNI dépose une personne à terre avant de disparaître. Témoin de la scène, Richie part à la rencontre de celle-ci et découvre une femme nue, qui se révèle être Teresa Hoese, une jeune femme, enlevée la nuit précédant la disparition de Mulder...

L'agent John Dogett est relevé des se fonctions au sein du service des affaires non-classées, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition. Cette découverte pousse Dogett à exhumer le corps de Mulder. Krycek réapparaît alors soudain, et propose à Skinner de lui fournir le vaccin pour sauver la vie de Fox...

Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus tandis qu'il crie qu'il doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...

A la Nouvelle Orléans, Jeb Dukes est témoin d'un accident de voiture à la sortie de son travail. Suite à la collision, un des véhicules explose. Un homme en flamme en descend très calmement et se dirige vers Jeb, puis, une fois à sa hauteur, disparaît, comme absorbé par le corps de Jeb. Mais quelques heures plus tard, Jeb se rend armé d'un revolver dans le bâtiment où il travaille, tire sur son supérieur, Gary Garber et sur la responsable des ressources humaines, Roberta Toews...

Une plate-forme pétrolière dans le Nouveau-Mexique est la cible d'une série de meurtres. Mulder ayant été démis de ses fonctions, c'est Dogett que Kersh envoie sur les lieux afin d'enquêter. Mais Dogett réalise très vite que Mulder s'est déjà lancé dans l'affaire. Mulder pense que ces meurtres sont liés à l'huile noire extraterrestre. Ils s'aperçoivent vite tous les deux que tous les membres de l'équipage sont déjà touchés par le virus...

Scully est en congé maternité. Mulder ayant été officiellement démis de ses fonctions au sein des affaires non-classés, Dogett se voit attribuer un nouveau partenaire : l'agent Leyla Harrison, une ancienne du service comptable qui a toujours voulu travailler aux affaires non-classées. Ils enquêtent sur un meurtre dont le suspect pourrait bien être une créature d'origine paranormale...

La mère de Scully souhaite engager une nurse avant l'arrivée du bébé. Mais celle qu'elle a choisie a un comportement bien étrange. Pendant ce temps, Billy Miles, l'adolescent qui avait été enlevé à la même période que Mulder, s'attaque à un laboratoire spécialisé en recherche génétique. Mulder et Doggett tentent de l'arrêter mais Billy est doté d'une force surhumaine...

Monica Reyes est chargée de protéger Scully et le bébé à naître. Elle l'emmène se cacher dans une ville fantôme. Mulder, Dogett et Skinner se demandent pourquoi Billy Miles cherche à récupérer le bébé de Scully. Krycek pense que la nouvelle race alien est destinée à repeupler la terre. Les extraterrestres finissent par retrouver Scully...