Londres, quatre mois après l’attaque. Les survivants organisent la Résistance. Bill poursuit ses recherches sur les aliens et comprend que leur ADN est humain mais que leurs organes souffrent de dégénérescence. Accompagné de Chloé et de Sacha, Jonathan, lui, continue de chercher sa famille. Dans un vaisseau déserté, Tom retrouve sa sœur Emily disparue depuis plusieurs mois. Parallèlement en France, un alien dissident grièvement blessé, parvient jusqu’à l’Observatoire.

A l’Observatoire, Mokrani et Catherine s’affrontent sur le sort à réserver à Micah, que Catherine considère comme une source d’informations capitale. Micah révèle à Catherine qu’elle doit trouver Bill Ward. Ce dernier, de son côté, tente d’en savoir plus sur Emily, toujours assaillie de visions d’Adina, la chef des aliens lui enjoignant de tuer Bill.

Sans rien dire à Emily, ni à ses parents, Bill décide avec Zoé de tester sur Emily l’arme biologique qu’il espère pouvoir utiliser contre les Aliens. Catherine, de son côté, gère difficilement son chagrin depuis la mort de Mokrani. Elle n’a, à présent, plus qu’une chose en tête : découvrir qui est Bill Ward et le retrouver. Sophia est prête à l’aider, mais Nathan hésite.

Catherine, Nathan et Sophia font route vers Londres, en compagnie de Victor, survivant rencontré par hasard. En chemin, les dangers se multiplient. Les sentiments de Sacha envers Emily s’intensifient et le comportement du jeune homme devient de plus en plus inquiétant. Se sentant particulièrement menacé, Bill est contraint de prendre la fuite.

Bill rejoint le groupe militaire formé par Ethan, Dominic et Michael. Les trois hommes tiennent une jeune alien en otage, Isla. Catherine, Sophia et Nathan continuent de chercher Bill. Adina, et les Aliens eux aussi se sont, lancés à la recherche de Bill. Chloé accuse le coup lorsqu’elle comprend que Sacha a tué Ash. Elle propose à son fils, de plus en plus instable, de fuir avec elle.

A l’université, Sophia visionne les vidéos enregistrées par Dylan, qu’ils ont retrouvé mort, tandis que Catherine se concentre sur les algorithmes qu’il a laissés et qui décryptent le comportement des créatures. Grâce à l’intervention de Bill, Isla se remet peu à peu des violences infligées par Dominic. De leur côté, Jonathan et Tom se font piéger par des extraterrestres.

Emily consent à aider Bill à tester le virus sur elle, mais subit bientôt de graves effets secondaires. Sacha qui a suivi secrètement le groupe pour rester proche d’Emily, tente de la soustraire au groupe. De leur côté, Catherine, Sophia et Nathan repartent à la recherche de Bill Ward...

Catherine, Sophia, Zoé et les autres survivants, enfin réunis, se préparent à l'ultime attaque. Mais c'est Bill qui est le seul à tenir le destin de l'humanité entre ses mains, à condition d’être aidé par Isla...