Sydney, Broots et Mlle Parker se rendent au Mexique où Jarod a été vu pour la dernière fois. Mais sur place, Mlle Parker apprend que son père a disparu depuis quelques semaines... Pendant ce temps, Jarod se rend à Philadephie où il devient professeur d'anatomie afin d'enquêter sur la mort d'un étudiant. Mlle Parker, en revenant au centre, découvre dans le bureau de son père Mr Lyle, le nouveau responsable de la nouvelle organisation du centre et une superbe jeune femme blonde chargée de reprendre la direction du service de "nettoyage"...

Mr Lyle et Brigitte apprennent que Jarod a volé cinquante millions de dollars au Centre pour les donner à des oeuvres de charité et en concluent que ce dernier est bien plus dangereux pour le Centre qu'ils ne le pensaient... Pendant ce temps, Jarod se rend dans une petite ville et, alors qu'il savoure un banana split, il surprend une conversation entre deux malfrats et le cuisinier d'un restaurant victime d'un chantage. Cet odieux marché pourrait bien mettre en danger son jeune fils de 10 ans...

Jarod s'engage dans une équipe de secouristes et cherche à connaître la vérité sur la tentative de suicide d'un des membres. Pendant ce temps, Brigitte présente à Mlle Parker, Sydney et Broots, le Dr Curtis. Celui-ci est un spécialiste renommé des comportements criminels. En ce moment, il est chargé de déterminer qui a tiré sur Mr Raines...

Jarod endosse la personnalité d'un photographe de mode pour élucider le meurtre d'un jeune modèle, tué dans un mystérieux accident de voiture. Pendant ce temps, Mlle Parker et Sydney, toujours sur les traces de Jarod, arrivent à New York pour interroger son dernier employeur. Celui-ci leur fournit un indice qui les conduit dans le Maine, où là, Mlle Parker fait une étonnante découverte sur Ben, un ami de sa mère...

Jarod se rend dans le quartier chic de Beverly Hills. Là, il se fait passer pour un chirurgien plastique travaillant dans une clinique privée à la pointe de la spécialité. En fait, le justicier est chargé de découvrir la vérité sur l'accident de voiture qui défigura une jeune adolescente afro-américaine, Tricia. Pendant ce temps, Broots est victime de menaces graves et précises. Brigitte lui propose sa protection en échange d'informations...

Jarod découvre que le Centre utilise une de ses dernières simulations pour enlever un homme qui devait témoigner contre la mafia japonaise. Pour se venger et pour contrer ces odieux procédés, Jarod décide de dérober les dix millions de dollars devant servir à l'échange. Pendant ce temps, Mlle Parker et Sydney essaient d'en savoir plus auprès de Mr Lyle sur les ventes des simulations... Broots obtient la garde de sa fille...

Jarod s'engage dans l'armée pour aider une jeune femme à sauver l'honneur de son père, mort au Viêt-nam et accusé d'avoir vendu des informations à l'ennemi. Mais il existe encore deux témoins en vie pour permettre de découvrir toute la vérité... Quant à Broots, appelé d'urgence, il se voit contraint de confier sa fille Debbie à Mlle Parker...

Trois employés d'une organisation sont tués par inhalation de produits chimiques, à la suite de la rupture d'un des containers. Dan Healy, un des ingénieurs de la société est désigné comme le responsable. Alors qu'il tente de se suicider, Jarod le sauve et s'intéresse de près à l'affaire... Pendant ce temps, Sydney aperçoit dans l'entrée du Centre un fantôme du passé, le vieux Martin Zeller. Il prend son arme et disparaît. Broots et Mlle Parker s'inquiètent et demandent de l'aide à Jarod...

Dave Dugger, cascadeur professionnel, est gravement brûlé lors du tournage d'un film publicitaire. Jarod se fait engager comme spécialiste des effets spéciaux par la très séduisante Brynne McClaine et découvre, sur l'enregistrement de l'accident, qu'il y a eu une deuxième explosion dans la voiture de Dave. Pendant ce temps, Mlle Parker trouve une bande vidéo qui s'avère être celle filmée par la sécurité, la veille du jour où sa mère avait été tuée...

Jarod endosse l'identité d'un grand coureur automobile et prend la troisième position sur la grille de départ en remplacement de Roehmer. Ce dernier, hospitalisé, raconte à Jarod qu'il avait pourtant levé le pied de l'accélérateur et freiné avant de heurter le mur. Pendant ce temps, Sydney apprend que son frère Jacob a repris connaissance. Mais Mr Raines veut le rattraper avant que Sydney ne réussisse à lui rafraîchir la mémoire...

Jarod se fait employer par une société d'escortes galantes. Il rencontre ainsi Cynthia Sloan, une riche femme d'affaires qui l'apprécie et lui demande de rester à son service jusqu'à l'inauguration de son projet immobilier. Jarod apprend que cet édifice doit être érigé à l'emplacement même d'une cité où un jeune garçon avait fait une chute mortelle en empruntant une sortie de secours. Or, cette issue venait d'être vérifiée par un inspecteur de la sécurité...

Mlle Parker est prise au dépourvu par un coup de fil de son père, le jour-même de l'anniversaire de la mort de sa mère. Tous deux conviennent d'aller se recueillir sur la tombe de la défunte. Mais Jarod prévient Mlle Parker de l'existence du plan Arklam pour assassiner son père. La jeune femme est stupéfaite et bouleversée par cette révélation. Elle décide de se rendre au plus vite auprès de son père afin de le protéger elle-même. Mais la tâche s'annonce délicate et difficile, d'autant qu'elle ne veut pas l'inquiéter en lui révélant tout ce qu'elle sait. Pendant ce temps, Jarod tente d'aider Chris, un adolescent perturbé...

Au cours d'une nouvelle mission spéciale, Jarod accompagne les malfrats Joey, Marco et Nicky dans un entrepôt désaffecté. Il s'agit pour ces criminels de prendre livraison d'un chargement de plaques de contrefaçon. Mais le rendrez-vous est également un piège. Sur place, Joey demande en effet à Jarod de tuer Morton, détenteur du reçu. Mais devant son refus, Marco le menace. Mlle Parker et son père, en infiltrant le système informatique, découvrent que Lyle et ses complices attaquent un des bureaux du Centre...

Broots, Sydney et Mlle Parker sont faits prisonniers par Brigitte. Elle les interroge à sa manière pour comprendre pourquoi ils n'ont toujours pas réussi à capturer Jarod. Pendant ce temps, dans le cadre d'une nouvelle enquête, Jarod a rendez-vous avec un trafiquant de drogue. Il est assommé par un complice du caïd. Lorsqu'il se réveille, il ne se souvient plus de rien... Il est devenu amnésique ! L'esprit embrouillé par les différents rôles qu'il a dû jouer au cours de ses missions, il est évidemment incapable de se raccrocher au moindre indice cohérent pour retrouver ses véritables repères...

Mlle Parker, Broots et Sydney font irruption dans le repère de Jarod pour y découvrir des cibles à leur effigie. Sur celle de Sydney se trouve une enveloppe dont le contenu lui révèle l'existence d'un fils encore inconnu. Pendant ce temps, Jarod intègre un groupe de GIGN, en remplacement du lieutenant Lange, tué lors d'une opération. Jarod effectue des recherches et constate que la balle tirée sur Lange est un produit de contrebande...

Jarod se fait passer pour un grand agent et psychiatre du FBI. Le petit Nicky, qu'il avait protégé lors d'une fusillade, s'avère avoir été le témoin de l'assassinat d'un agent de la brigade des stupéfiants. Jarod espère sortir le garçon de son mutisme. Mais cela déplaît à ses collègues. Mr Raines s'inquiète depuis que le Centre le surveille de très près. Il est attaqué par un inconnu qui grave, dans son bras, le chiffre 155, le numéro de la chambre où, des années auparavant, il procédait à ses expériences...

L'avion sur lequel Jarod avait cédé sa place s'écrase en vol. Jarod se fait passer pour un enquêteur et part avec ses collègues à la recherche de preuves. Bien que Jarod ait demandé à être présent lors de l'ouverture de la boîte noire, ils vont agir seuls... Pendant ce temps, au Centre, Mlle Parker, Sydney et Broots reçoivent de la part de Jarod trois invitations pour une réunion d'anciens de l'école. Lors de cette soirée, un hommage est rendu à deux élèves morts, dont Mr Lyle...

Jarod apporte son aide pour stabiliser un blessé qui répète sans cesse qu' "qu'il faut sauver Jeremy". Comprenant qu'il s'agit d'un enlèvement, Jarod se remémore la façon dont il a été enlevé et placé dans le Centre. Il se fait passer pour le père pour tenter de libérer Jeremy. Mais les choses se compliquent lorsque l'équipe du Centre, ayant retrouvé la trace de Jarod, se lance à sa poursuite...

Répondant à un e-mail de Sydney, Jarod se rend à Dry River en Arizona, où il se fait arrêter par le shérif-adjoint Marilyn Miller. Peu de temps après, le shérif le conduit à un dépôt de voitures, où il se retrouve face à Mr Lyle... Pendant ce temps, Sydney, surpris par le message e-mail de Jarod, en fait part à Mlle Parker, qui, comprenant le piège, se lance immédiatement à sa rencontre...

Mlle Parker reçoit une enveloppe contenant une vieille lettre de sa mère et un message lui demandant de se rendre à la banque. Là, elle y rencontre Jarod , qui lui remet trois autres missives écrites par sa mère. Peu de temps après, Jarod pointe une arme sur l'homme qui avait aidé Catherine Parker à sauver des enfants du Centre. Mais avant de pouvoir parler, deux hommes font irruption pour un hold-up...

Mlle Parker et Jarod font le même rêve dérangeant, où ils réentendent les derniers mots prononcés par Fenigor : "Prodigue, les dossiers rouges", puis le voient remettre une lettre à Jarod où est inscrit la mention : "C'est de là que tu viens". Peu de temps après, Jarod se rend à une clinique de fertilité où ses recherches vont l'éclairer sur ses origines, mais aussi sur un projet qui a pour objectif de former un nouveau "caméléon". Sydney soigne Angelo pour qu'il retrouve ses esprits, et Mlle Parker apprend l'existence d'un frère jumeau...

Jarod téléphone à Sydney pour l'informer que Gar a kidnappé Davy, le nouveau "caméléon", et qu'il va certainement lui faire subir le même traitement qu'à Angelo. Ce dernier retrouve alors la mémoire et se souvient avoir été transporté au manoir d'Angel. Grâce aux informations de Sydney, Jarod et Angelo se rendent en Caroline du Sud et libèrent le jeune garçon. Mais ce dernier a eu droit à un traitement, et le temps joue contre eux pour tenter de le sauver. Miss Parker, de son côté, va brouiller la partie en essayant de retrouver un frère jumeau...