Alors qu’ils effectuent un pique-nique, Anne et Lucie sont emportées sur un bateau par la rivière. Charlie, Tom et Gran’Pa tentent de les retrouver. Elles atterrissent dans le village de Minipouss Pygmée. Finalement, nos amis les retrouvent et pensent être tombés chez un peuple de "coupeurs de têtes", mais ils sympathisent très vite malgré la barrière de la langue. Mais un furet appartenant au professeur Chassard apparaît avec une caméra sur le dos pour filmer enfin les Minipouss...

Éric propose à ses parents de faire du baby-sitting pendant qu'ils se rendent à une conférence avec des amis. Mais Éric se décharge très vite de cette tâche en confiant la garde du nourrisson aux Minipouss pour aller jouer au football...

Al entre en campagne pour être élu maire des Minipouss. Il souhaite émanciper l'existence de ses congénères en effaçant les contraintes les obligeant notamment à ne quasiment jamais sortir dans le monde des humains. Manipulateur, il promet monts et merveilles à chacun s'il est élu...

Grand Pa annonce à Tom, Lucie et Charly que le conseil des Minipouss a décidé de créer un zoo. Un safari est organiser pour capturer des animaux...

Les amis d'Éric l'entraînent vers une maison hantée réputée hantée durant Haloween...

Les Minipouss se rendent à un concert de rock. Le professeur Chassard va profiter de cette occasion pour les attraper...

L'anniversaire de Grand-Pa approche. Tom et Lucie lui préparent une surprise tandis que Grand-Pa s'imagine que plus personne ne l'aime...

Charly organise une conférence pour présenter sa nouvelle voiture. Mais l'attention de la presse se porte plutôt sur la naissance exceptionnelle de jumeaux...